第一、在作出具体行政行为时遗漏行政相对人。环境保护行政机关在作出行政行为时遗漏主体，没有把行政管理相对人全部列出，而仅列了一部份，损害其它共有人的合法权益。放纵遗漏主体继续违法，执法的公正性受到老百姓责问。同时也是违法事实没有查清的一种情形。
第二、错列行政管理相对人。环境保护行政机关作出具体行政行为时依法应该针对的是行政管理相对人，而实施行政行为时列写的行政管理相对人却出现了错误，是与行政管理相对人有一定关系的人或其它。为企业或者个体经营业主（老板）打工的人经常被错列为被处罚人，处罚个体工商户和独资个人企业时，将其字号和独资企业作为被处罚人，企业主和个体工商户个人作为法定代表人，而没有处罚个体工商户本人和独资个人企业主，违法的个人不承担法律责任。
从而放纵了违法的个人。 第三、环境保护行政执法主体错误。在委托执法中，实施行政行为的责任机关依法应该是委托机关，而在作出具体行政行为时却是被委托的行政主体的名义实施行政行为。 第四、执法程序不规范甚至违法。环境保护行政机关查处案件中，大部分人员因为法律意识差，法律、法规知识相对欠缺。
因此不重视履行必要的处理手续，随意简化执法程序。 第五、滥用自由裁量权。法律法规授予环保行政执法人员自由裁量权，是为了让行政执法人员更灵活有效地贯彻执行法律法规，以便在实施行政处罚时收到事半功倍的效果。 第六、适用法律不准确、适用法律错误或者没有法律依据。
因为案件事实和证据存在问题，容易造成适用法律错误。
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