行政诉讼法中的指定管辖是指上级行政机关以决定的方式指定下一级行政机关对某一行政处罚行使管辖权。这通常是由于两个以上的行政机关对行政处罚的管辖问题发生纠纷或者因特殊情况无法行使管辖权时，才由上级机关确定由谁管辖。行政处罚法规定，对管辖发生争议的，报请共同的上一级行政机关指定管辖。
发生指定管辖的条件，通常是对行政处罚的管辖权有争议。为什么会发生管辖争议呢?这有以下几个原因： 第一，行政机关职责不清，对社会生活、公共事务的管理互有交叉，因此表现在对行政违法行为的管辖上也必然是互有交叉，权责不明确，无法按职能真正落实管辖。
第二，由于我国的行政处罚制度还不完备，由于行政违法活动的错综复杂、法律、法规之间规定也存在着竞合问题，因而，在实施行政处罚过程中出现对一个行政违法活动几个行政机关都有管辖权的情况也是客观存在的。 第三，由于一个行政违法案件可能连续、持续或者牵连几种行政违法行为，而这些违法行为可能涉及几个地区、几个部门的行政机关，这种共同管辖问题在行政处罚实践中是不可避免的，如果各部门对谁实施管辖协商不成，也会出现管辖争议问题。
第四，还必须指出，在目前行政处罚实践中，在对行政违法案件的管辖问题上，一些部门不是从国家的利益出发，而是受利益趋动，从本部门的利益出发，对自己有利的争着管，对自己不利的无人管，因而加剧了行政机关对行政违法案件互相推诿或者互相争夺管辖权的矛盾。
对于出现了管辖权争议问题，各部门应当尽量本着从国家和人民的利益出发，互谅互让，积极配合，相互支持，解决矛盾，使行政处罚工作得以有效地实施的态度，努力协商解决。必须指出，各行政机关在协商对行政违法案件的管辖权时，一定要符合法律、行政法规的规定，同时要以便于实施行政处罚，便于及时纠正行政违法行为，便于教育违法行为人为指导思想。
当然，如果是因对一些法律、法规规定有不同的理解，或的确是体制上的问题无法确定应由谁来对该行政处罚案件实施管辖，应当及时报请共同的上一级机关指定管辖，以免延误对行政违法案件的处理。
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