（一）拆迁补偿款收入首先列入专项应付款核算
根据财政部2005年《关于企业收到政府拨给的搬迁补偿款有关财务处理问题的通知》规定：“企业收到政府拨给的搬迁补偿款，作为专项应付款核算。搬迁补偿款存款利息，一并转增专项应付款”具体而言：企业在搬迁和重建过程中发生的损失或费用，区分以下情况进行处理：
1.因搬迁出售、报废或毁损的固定资产，作为固定资产清理业务核算，其净损失核销专项应付款；
2.机器设备因拆卸、运输、重新安装、调试等原因发生的费用，直接核销专项应付款；
3.企业因搬迁而灭失的、原已作为资产单独入账的土地使用权，直接核销专项应付款；
4.用于安置职工的费用支出，直接核销专项应付款。
企业搬迁结束后，专项应付款如有余额，作调增资本公积金处理，由此增加的资本公积金由全体股东共享；专项应付款如有不足，应计入当期损益。企业收到的政府拨给的搬迁补偿款的总额及搬迁结束后计入资本公积金或当期损益的金额应当单独披露。
（二）搬迁或转换新的生产经营业务结束后，专项应付款余额转增为资本公积金
根据《公司法》第167和第168条规定，因国务院财政部门规定列入资本公积金的其他收入，应当列为公司资本公积金。公司的公积金用于弥补公司的亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本。但是，资本公积金不得用于弥补公司的亏损。
资本公积金的惟一用途是依法转增资本，不得作为投资利润或股利进行分配。企业按法定程序将资本公积金转增资本，属于所有者权益内部结构的变化，并不改变所有者权益的总额，一般也不会改变每一位投资者在所有者权益总额中所占的份额。故此依法提存资本公积金部分不能用于利润或股利分配。
（三）拆迁补偿款的税务问题
拆迁补偿款项用于重建和搬迁、转换新的经营业务的部分不上缴企业应纳税所得额，五年内的此项支出也在税前扣除。
根据《国家税务总局关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》规定“因政府城市规划、基础设施建设等政策性原因，企业需要整体搬迁（包括部分搬迁或部分拆除）或处置相关资产而按规定标准从政府取得的搬迁补偿收入或处置相关资产而取得的收入。在扣除根据搬迁规划，异地重建后恢复原有或转换新的生产经营业务，用企业搬迁或处置收入购置或建造与搬迁前相同或类似性质、用途或者新的固定资产和土地使用权（以下简称重置固定资产），或对其他固定资产进行改良，或进行技术改造，或安置职工的，准予其搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，计入企业应纳税所得额。
