这种做法显然只是掩盖了矛盾，而不是解决了矛盾。一方面，土地使用权和房屋所有权分离的现实没有改变;另一方面，法律不是为此现实提供解决办法，而是不顾这一现实，采取将土地和房屋强行捆绑在一起的做法，这就造成了制度内部的逻辑紊乱。随着新建房屋的不断增多，随着房屋流转的日益频繁，中国土地使用权和房屋所有权的权利冲突也就日益严重，尤其是在中国房地分别登记的情况下，再盲目地绝对坚持房地合并抵押的做法就会产生严重的后果。
1)、无法确定土地权利抵押权设定的时间和顺位，对交易安全造成危害。房地合并抵押并没有确定房屋抵押登记或者土地使用权抵押登记哪一个要优先进行，导致了土地使用权抵押后，地上房屋随之抵押;其后，房屋所有权抵押的，其范围内的土地使用权也随之抵押。
由于两次抵押是在不同的登记机关办理的，都属于第一顺位的抵押登记。但是，二者实际上又是重复的。————这段说明是错误的，实践中房与地的抵押是有先后顺序的：必须先房屋抵押完毕拿到权利证明以后，才能据此提交资料到国土资源局进行土地的抵押登记，顺位也是相对应的。
(看到这处，所以给予一些补充，供讨论。) 2)、给债务人利用重复担保进行欺诈提供了可乘之机。现实中很多房地产开发商在将土地使用权抵押贷款后，在房屋建成后再到房产部门办理抵押贷款。根据《担保法》第三十五条的规定，抵押人所担保的债权不得超出其抵押物的价值。
财产抵押后，该财产的价值大于所担保债权的余额部分，可以再次抵押，但不得超出其余额部分。但是，房屋抵押时，其价值的计算并没有除去已被抵押的土地使用权的价值，因此，在土地使用权部分是重复抵押的，这很显然违反了《担保法》第三十五条的规定。 3)、在当事人明确约定只抵押土地使用权或者房屋所有权的情况下，仍然强行规定房地合并抵押的做法，大大限制了当事人的意志自由，削弱了当事人的物权合意在物权变动中的作用，不利于当事人合理的安排自己的交易生活，分配自己的交易风险。
众所周知，抵押的范围是和债务人的代价紧密相关的，抵押人仅仅以土地使用权作抵押还是以土地使用权以及地上的房屋所有权一并抵押来担保债务，和债务的内容，尤其和债务人支付的利息等是密切相关的。担保物的价值越高，债权人的风险越小，主债务人承担的代价相应越小。
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