1、两者关系：
英雄传说VI 空之轨迹FC，就是大家所熟悉的空之轨迹第一部（First Chapter），本名是没有FC二字的；FC的称谓只是因为空之轨迹第二部（Second Chapter）的出现，为了区别前后两部，而追加的对第一部的简称。
  空之轨迹SC是紧跟FC剧情的，它才是英雄传说VI空之轨迹的真正完结篇。
2、推出时间：
英雄传说VI 空之轨迹FC是于2004年6月正式在日本发售的，而中文版则是在2006年3月正式在中国发售。
英雄传说VI 空之轨迹SC则是在2006年3月正式在日本发售的，到现在为止，没有任何中文版本或补丁，传闻中文版将在2007年暑假推出。
  
3、游戏容量：
英雄传说VI 空之轨迹FC日文版为1DVD、1。84G容量，而中文版则是3CD的（因我未入手，具体容量不详）。
英雄传说VI 空之轨迹SC日文版为1DVD、3。81G容量。
4、画面
在这一项，FC跟SC几乎没有差别。
  而且SC虽说是后作，却继承了FC几乎所有的地图，原创地图只占总量的20%左右。在这一点上F社实在有偷懒嫌疑。不过SC全程共有八段高质量动画，实在很赞！
5、音乐
FC的BGM一共有55首，而SC在继承了FC的绝大部分音乐的同时，也进一步把BGM总量扩充至98首。
  FC主题曲为星の在り?I（星之所在），SC的主题曲为银の意志 金の翼，片尾曲为I Sware。。。。
6、语音
FC是没有任何人物语音的。而SC在进行战斗的时候，所有我方可用角色和部分敌方BOSS均有配音。
7、操作
FC跟SC基本一样，无须多说。
  
8、剧情
为免剧透，我只能简单地说：SC剧情紧跟FC的剧情，而且与FC完成的剧情息息相关（指继承FC进度的情况）。套用某位朋友的名言：FC 两个准游击士 找老爸；SC 一个正游击士 找老公。
9、人物
在SC中，FC里可以使用的我方的所有角色悉数登场，全部能用。
  新的可用角色有：アネラス、ケビン神父、ユリア、ジョゼット等。而敌方则主要是以《结社》的教授几个执行者为主。
10、系统
这个是重头戏，分开几个小点讲：
A、结晶回路系统
FC中结晶回路只有六个孔，但是SC中增加到七个，而且各种回路有了大幅的强化，普通回路可达到5级[例如HP5（水曜珠）]，因而各种魔法也更加强悍了。
  此外，回路的七个孔均可以进行两次强化（强化需要消耗一定数量的七曜结晶），一些强大的回路必须要在强化了的孔里才能安装；对孔进行强化后可以提升该人物的EP最大值。
B、料理系统
FC中分为大盘料理和可携带料理，SC在FC的基础上加入了攻击性料理，战斗时可以投掷，除了有不错的伤害外，还会附加特殊效果。
  此外，SC和FC的料理名称是完全不同的。
C、钓鱼系统
FC中只有在川蝉亭可以钓有限的几种鱼；但是在SC里钓鱼系统有了大幅强化，不仅钓鱼场遍及整个王国，而且有多种钓竿、多种鱼饵可供选择，钓上来的鱼会根据其大小给予相应的物品奖励，其中不乏一些好东西哦！
D、队员更换系统
FC中只有在最终迷宫里才能自由更换队员；而SC里可以随时在游击士协会里自由更换队员。
  不同的队员配搭在进行剧情时会有不同的对话，有部分的剧情需要有特定的队员在队伍内才会触发。
E、赌博
卢安小食店二楼是一间赌场，不过在FC里只能干瞪眼；但是在SC里却可以真正地睹上几把，可以玩老虎机、轮盘和扑克，赢取筹码可以换取钓竿、书籍和装备，而且还有支线任务啊。
  
11、战斗
这个也是重头戏，也分开几个小点讲：
A、难度
比起FC的弱智难度，SC的难度上升了不少，需要适当地用上一些辅助魔法，生手可能需要适当地练一下功；不过除了少数几场特别难的战斗外，其他的都能轻松过关。
B、战技
在SC里，我方角色在FC里已学会的战技（包括S技），会在一定等级时进行强化（例如真。
  旋风棍等等）。而且到游戏后期人物等级很高的时候，所有在FC可用的我方角色都能学会新的S技。
C、多人合击系统
这是SC新增的战技，就是由单人发动，多人配合的攻击一定范围内敌人的华丽的攻击系统。随着等级的提升，可以配合攻击的人数就越多。多人合击需要选择合击的先后顺序，越后出手的人攻击就越高（10%伤害递增），但是消耗CP也越多（10CP消耗递增），而且参与合击的队员的行动顺序也会相应后退。
  当发动者的回合有特殊加成时（例如有“！”），那么参与合击的人均会自动获得该特殊加成（也就是所有人都是“！”的攻击）。
D、攻击的特殊效果
SC继承了FC所有的攻击特殊效果，而且最终BOSS的一些战技可以无视我方的完全防御给予伤害。更恐怖的是最终BOSS的特殊攻击可以将范围内的我方角色完全从战场上抹掉，无法复活。
  
E、天使羊
FC的天使羊是在地图的固定地方随机出现的，而SC的天使羊则是在地图的部分固定魔兽队伍中随机出现的，而且可能会一下子出六只。SC的天使羊比起FC相对较弱，使用时、空、幻三系的魔法可以对其进行100%的伤害。
12、其他
A、继承FC进度
SC可以继承FC的通关进度。
  如果选择继承，那么在SC开始时，主角出场的等级和能力将以FC进度为准（否则主角出场的等级为LV35），开始时可以获得FC的准游击士的奖励，游戏中可以保留准游击士手帐。此外，SC的部分任务是与FC有所联系的，如果完成了FC的任务，在SC里会有额外的物品奖励。
  
B、SC二周目继承一周目进度
SC进行二周目时，可以保留一周目的所有金钱、七曜结晶数和赌场筹码。此外，钓鱼手帐和料理手帐的记录也会全部保留。