《刑事诉讼法》作为公安机关刑事立案程序的法定依据，规定了启动立案程序的几种情况，分别为:自侦发现、报案、举报、控告和自首。
在实践中，对于自侦发现和自首的材料，公安机关因掌握主动权，较容易判断是否应当立案;但对于报案、举报、控告这三类材料就往往较难判断。
原因有三:
1、随着我国法制建设的加强，公民、法人或者其他组织对于违法犯罪的报案、举报逐渐增多，这是社会进步的一种表现。但是必须看到，在增多的报案、举报中有相当一部分材料反映的内容并非是违法犯罪，大多数牵涉经济纠纷等民事行为，另一小部分则带有人为因素，这样无形中就分散了公安机关的办案精力。
2、报案人、举报人往往带有顾虑，害怕遭受打击报复，许多报案、举报材料都是匿名的，无法联系【2】。虽然一部分材料反映的内容从表面分析可能有犯罪事实，但因无法进一步深入调查，而难以判断是否可以立案。
3、被侵害人因遭受人身、财产的损害，在报案、控告时往往带有强烈的个人情感，极易将事实部分夸大或有意朝犯罪行为方向控诉，这样就误导了公安机关的立案判断。
(二)立案调查的艰巨性
《刑事诉讼法》规定，“公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖的范围，迅速进行审查……”【3】。立案前的审查工作，实际上包括材料审查和调查材料两部分，是立案程序中关键性步骤，亦是能否及时甄别、判断，决定立案的必经程序【2】。
立案审查，即是根据掌握的材料来确认有无犯罪事实和是否需要追究刑事责任的过程。如果掌握的材料已经具备了立案条件，那么就可以作出立案决定;如果材料模糊、难以判断，那么可以进行调查活动，收集相关材料。立案前的调查活动并非立案后的侦查程序，两者在法律依据、采取方法及所要达到目的上有所不同。
调查活动是非强制性的掌握、了解活动(除紧急情况下采取的先行拘留措施)，通常是被调查人或单位自愿配合，提供相关情况;而刑事侦查是依据《刑诉法》规定，在立案后，为证实犯罪嫌疑人有或无犯罪行为而进行的强制性调取证据活动，是一种专门的调查活动。所以，公安机关在立案前进行的调查活动，是不允许使用侦查方法的。
但是，目前刑事案件数量呈上升趋势，许多案件，尤其是经济案件，表像复杂、手段隐蔽性强，与民事纠纷行为有着千丝万缕的联系，不易甄别，给立案调查工作带来了较大的困难。在实践操作中，一方面，一些办案部门对立案调查规定了具体的期限，一旦遇到复杂案件，便会造成审查时间的紧迫;另一方面，调查过程中许多技侦手段不能使用，就使得收集相关材料进行确认变得困难重重，由此成为了公安刑事立案程序中的一个突出的难点问题。
(三)立案决定的差异性
《刑事诉讼法》第八十六条规定:“……认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案……”【2】根据这一规定，立案应当同时具备两个条件:一、公安机关认为有犯罪事实，二、公安机关认为需要追究刑事责任。
这两个条件较为抽象、概括，在具体操作中，对何种事实才能认为是犯罪事实，何种事实才认为具有显著轻微情节，很难把握。在司法实践中，为了使立案条件具体化，制定了相应的立案标准。立案标准的制定在一定程度上弥补了立案条件的不足，但是有了立案标准并不等于就有了明确、统一的立案尺度，必须看到，在实践中对一些案件可用具体的量化标准来作立案判断，例如:故意伤害、盗窃、诈骗等案件，而另一些案件则无具体的量化标准或者《刑法》分则对犯罪构成的表述抽象、概括，而其中涉及经济的案件尤为复杂【3】。
民事纠纷与刑事犯罪之间有着较相似的迷离表像，且主体、法律关系往往相互纠缠、交叉，很难甄别和判断，例如:诈骗类经济犯罪，经常是纠纷中有犯罪行为，犯罪行为借纠纷而实施。这样使得本来就无法作到统一、明确的立案标准更难把握，各办案部门在实践中经常会对同一事实存在不同的认识和理解，由此而作出的立案决定或不予立案决定，差异显而易见。
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