根据病原体来源的不同，医院感染分为内源性感染和外源性感染。
(1) 内源性感染：是指病原体来自患者体内的感染，也称自体性感染，与患者免疫功能低下和临床诊疗措施有关，不易预防。例如患者长期使用抗菌药物，使原存在于患者体内的正常菌群失调而引起的感染；由于诊断和治疗措施引起的损伤为存在于体内的非条件致病菌提供了侵入门户而发生的感染；或长期使用免疫制剂、激素等激活的潜在性感染（如疱疹病毒、结核杆菌）等。
(2) 外源性感染：称为交叉感染，病原体来自其他患者或环境，可以通过清洁、消毒、灭菌和隔离措施进行预防和控制。如诊疗过程中由于所用的医疗器械、设备、药物、制剂及卫生材料的污染或院内场所消毒不严而造成的感染；患者与患者、患者与医务人员、患者与陪护人员或探视人员之间通过直接或间接接触途径而引起的感染。
