人类的历史上，在早期已经开始对生物进行尝试性的分类，而这些对生物进行分类的活动又被称为生物分类学，具体说就是研究生物分类的方法和原理的生物学分支。它研究生物类群间的异同以及异同程度，阐明生物间的亲缘关系、进化过程和发展规律，对生物物种进行归纳总结。
  但是由于人类社会很长一段时期客观的科学技术条件的局限，人类历史上利用生物分类学对地球上的生物进行的分类非常不完整，也不科学。根据中国汉初的文献〈你雅》中的记载，早在大约2500多年前的西周年间，中国人就开始对于自然界中的各种动物采取了朴素贝叶斯的分类方法，当时我们的祖先通过细致地观察，把自然界中的动物分为四大类，分别是虫、鱼、鸟、兽这四种生物。
  这其中的虫也就是我们现在所说的大部分无脊椎动物；鱼包括生活在水中的鱼类、两柄类、爬行类等低级脊椎动物及鲸和虾、蟹、贝类等；鸟也就是现在的鸟类；兽是在其中分类最高级的动物，就是指现在的哺乳动 物以及某些体型较大的两柄动物和爬行动物。这是中国古代乃至世界历史上最早的动物分 类，这个分类，与林奈在1500余年之后，也就是与十八世纪中叶所创 造的六纲系统比较，仅仅只少了两栖纲和蠕虫纲。
  在西方，创建西方生物学的亚里士多德当时只是把生物大体分为动 物和植物两种类型。后来随着科学技术的不断发展，十七世纪中期年间时，英国科学家罗伯特•虎克发明了自制的显微镜。这项发明对于生物学来说，具有划时代的伟大意义，通过显微镜这种新生观察仪器的使用， 人们才第一次发现了用肉眼所看不见的生物世界，人们第一次看到了动植物细胞，看到了细菌，人们对于这些新生生物的研究才开始进行。
  针对这种如细菌等随着科学技术进步而发现的人类所闻所未闻的生物 的出现，人们越来越感觉到了亚里士多德曾经创建的植物和动物的分类已经越来越不科学；在达尔文于十九世纪50年代末期发表了《物种起源} 后，基于进化关系而非表型相似性的分类系统，便开始由生物学家开始建 立，这套全新的分类系统又被生物学界称之为系统发育分类系统。
  可是，由于当时科学技术没有达到一定的水准，外加缺乏化石记录，所以这种分 类方法长期未能有效运用于原核生物的分类，直到二十世纪70年代，随 着分子生物学等新科技的发展，人类才取得了比较大的突破。