沼气发酵原料是产生沼气的必备物质基础，只有具备了充足的发酵原料，才能够保证沼气发酵的持续运行，才能够制备出沼气，保证沼气池的正常产气。用于沼气发酵的原料主要是各种有机废弃物，如农作物的秸杆、禽畜的粪便、人类的粪尿、水浮莲、树叶杂草等等农村生活垃圾和废料。
在使用不同的原料进行沼气制备时候，我们要注意碳元素和氮元素的合理配比，以求可以达到最大限度地产生沼气的目的，从而提高沼气池的产气量，增加经济效益。大多数植物都可以用来作为沼气池的原料，但并非所有的植物都可以入池。比如：桃叶、银杏叶、猫儿眼、黄花篙、百部、臭椿叶、泡桐叶、水杉、马钱子果、梧桐叶、苦楝叶、断肠草、辣寥子、烟梗、大蒜等植物就要求严禁人池，因为它们中含有抑制或杀死甲烷菌的 成分。
沼气池内更不能使用农药、柴油等，否则， 会造成沼气池内长期不产气，影响生活，影响沼气 的生产和经济方面的收入。此外，植物生物碱、地衣酸金属化合物、盐类 和刚消过毒的禽畜粪便等等，都不能进人沼气池。 它们对沼气发酵有较大的抑制作用，故不能作为沼气发酵原料入池。
另外，豆饼、花生饼、棉子饼等在空气不足的 条件下会产生磷化氢。而磷化氢是一种有毒的气体, 它不仅对甲烷细菌的繁殖不利，而且人、畜等接触磷化氢这种气体之后，容易发生中毒，引起事故。 所以，此类麸饼等也要求严禁人池。
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