利用EM(由光合细菌、乳酸菌、酵母菌、芽孢杆菌、醋酸菌、双歧杆菌、放线菌组成）、CM(由光合菌、酵母菌、醋酸杆菌、放线菌、芽孢杆菌等组成）、酵素菌液，收集农作物秸秆（例如稻壳、麦壳、铡细短的玉米秸秆、麦秆、豆杆等），用以上菌液的任一种进行堆沤发酵，通过微生物产生多种酶，促进有机物的分解，使发酵物转化为可提供植株生长所需营养物质的微生物有机肥。
  (1)材料准备每1000kg作物秸秆需要EM或CM菌液2kg左右，尿素5kg(也可用10%的人粪尿、鸡粪或30%的圈肥代替），麦麸5kg，过磷酸钙5kg。(2)材料处理玉米秸、麦秆要铡成5-10cm左右的小段，稻壳、麦糠或杂草可不作以上处理。
  (3)堆沤要点要掌握六字要领，即“吃饱、喝足、盖严所谓“吃饱”是指秸秆和调节碳铵比的尿素或圈肥（或人粪尿、鸡粪）及麦麸要按要求的量加足。“喝足”就是秸秆必须被水浸透，加足水是堆沤的关键。“盖严”就是成堆后用泥土密封，可起到保温保水的作用。堆制10-15天可翻堆一次并酌情补水，加速成肥过程。
  如不进行翻堆，要在堆的中央插数把秸杆束，便于透气，满足好气微生物的活动。(4)堆制方法主要有以下3种。①集中堆制法。选择背风向阳的地方建堆，以利增温，但温度不宜超过45°C。堆底要求平实，并在四周起30cm的土埂，以防跑水。将已湿透的秸杆堆高60cm 时浇足水，秆面先撒尿素、磷肥总量的1/5,再加少量水溶解，多后均匀撒上菌种和麦麸的混合物的1/5,再撒秸杆30-40cm厚及其余的化肥和菌种，然后用泥封存2cm厚。
  要求堆宽1。5-2m，高1。5m左右，长度不限，分3-4层堆枢。玉米秸秆适当踩实，其他沤制材料不用踩实。②深埋堆沤法。可在果园、地头、路沟采用挖沟的方法沤制，挖宽60-70cm、深100cm的条沟，在沟内按上述堆制方法沤制。③温室基施法。顺温室栽培行挖50cm深、50cm宽的沟，在沟内撒30cm的秸杆进行抠制，抠制方法同上。