心包囊肿容易与以下疾病混淆影象学诊断上本病应与以下疾病进行鉴别：
1皮样囊肿
心包囊肿大多位于前中纵隔块影轮廓清边缘锐利但密度往言行不一不均匀CT值为-10～10Hu有1/3到半数可见钙化与支气管相通可形成液气腔如咳出毛发等有助于鉴别诊断。2支气管囊肿
好发于支气管和支气管周围圆形或椭圆形水样密度均匀影边缘光滑锐利与支气管相通进可随呼吸大小改变如含有部分液体时形成气液囊肿CT表现密度均匀囊壁薄内缘光整可造成邻近气管或支气管受压变窄CT值为30～50Hu。
3食道囊肿
位于后纵隔前部食道旁圆形或椭圆形囊性肿块轮廓光滑囊壁较厚>4mm呈肌性软组织局部食道可压CT值为50Hu左右。
4心包脂肪垫
常见于肥胖者以左心膈角较多没有完整轮廓密度相对较心包囊肿更低侧位片往往显示不清CT值呈现负值(-50Hu以
心包囊肿下)MRI对区分脂肪或水样物质很敏感在SE序列TI-WI图象上脂肪垫表现为高信号。临床上还需淋巴管瘤进行鉴别：
纵隔囊性淋巴管瘤是一种少见的纵隔良性肿瘤，占纵隔肿瘤和囊肿总数的3.85%，其形成可能与淋巴管体静脉吻合异常导致淋巴回流受阻有关，也可来源于颈部淋巴管原基，于心包下降时被带入胸内，故可见于纵隔各处，多位于前纵隔中上部，肿块大小不一，可单房或多房或呈蜂窝状，分为颈-纵隔型腋-纵隔型纵隔型及颈-腋-纵隔型4种类型多无临床症状，尤其是纵隔型常为X线检查偶尔发现胸片多数表现为边缘光整的纵隔肿块，无纵隔移位;CT显示肿块为囊性，边界清晰，无周围侵犯，本病易误诊为心包囊肿，因此需严格地进行鉴别诊断纵隔型囊性淋巴管瘤相对少见，尤其是单房型影像无特殊，术前诊断困难，当纵隔出现囊性肿块时应将其作为鉴别诊断之一予以考虑，以提高诊断准确率。
