地方行政制度为府、省、县三级制。明初仍效仿元制，在各地设行中书省，在 各行省设左右丞、平章政事、参知政事等官。元朝的行中书省职权非常大，几乎无所不统，而布政司的职权则仅限于掌管财 政、民政。到宣德三年（1428年），全国除南北两京外，共有十三个布政司，即山西、山东、陕西、河南、江西、四川、浙江、湖广、广东、福建、云南、广西、贵州，终明之世不变。
各省除布政司以外，又有都指挥使司，简称都司，提刑按察使司，简称按察司，合称为三司。按察司掌管监察和司法，设按察使一人（正三品），又设佥事（正五品）、副使（正四品），均无定员。按察使不仅主管一省刑狱，也兼有纠劾官吏之责，俗称为臬台或按台。副使、佥事的职务是分道管事，详见于下。
都司掌管军政，设都指挥同知二人（从二品）、都指挥使一人（正二品）、都指挥佥事四人（正三品）。省以下的行政单位是府，直隶于布政司。全国共有府一百五十九个。府有同知(俗称司马，正五品）、知府一人（正四品）和通判（俗称别驾，正六品）无定员，推官一人（俗称司理或司李，正七品）。
府以下是县，全国共有县一千一百七十一个。县有知县丞一人（正八品）、县一人（正七品）、主簿一人（正九品）。
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