尿道下裂对排尿、性生活有重要影响，严重时可影响生育。如尿道外口位于阴茎体，排尿时需用手抬起阴茎头，且尿流常为喷射状，易尿湿衣裤。如尿道外口在阴茎根部或会阴部，则不能站立排尿，必须像女孩那样蹲着排尿，这对男孩无疑会造成一些心理上的不良影响。目前有两种手术方法治疗尿道下裂。其中之一就是第二次手术：第1次手术将阴茎弯曲拉直，尿道位置不变。有时候由于阴茎矫直，尿道外口的位置也会向后移位。若尿道狭窄，一定要切开扩大尿道，以便使尿道通畅。二次手术一般在半年后，也可在数年后，再行尿道成形术，将尿道口修复到阴茎头前端，可以与正常人一样。此外，有一种手术是尿道成形术，即在矫正阴茎的同时对尿道进行成形，在矫正阴茎的同时对尿道进行修整，在矫正阴茎的同时对尿道进行修整，毫无疑问这是一种比较好的手术。膀胱粘膜、阴茎包皮或阴囊皮肤均可作为新尿道的材料。近几年，由于医师手术技术的提高，成功率很高。
