我们都知道，高等动物都是由受精卵发育而来的。卵细胞产生于雌性动物的卵巢，精子产生于雄性动物的睾丸。而骡子这种“混血儿”，无论公骡和母骡，生殖系统在构造上虽然比较完善，但是，生理机能却不正常。动物研究人员经研究发现，骡子不能生殖后代是由于缺少性激素。
公骡子的生殖器官不能产生动情素，因而就不能动情，也不能产生成熟的精子。而母骡子的生殖器官虽然能产生动情素，但是却缺乏助孕素，因而产生的卵子很衰弱，不久便死去，也不能成熟，当然也就不能受精。这就是骡子不能繁殖后代的原因。
还有一点要注意:远缘杂交，由于种间差异，染色体的数目、形态大小往往不相同。
马的染色体数是64条，驴的染色体数是62条，马的卵子染色体数是32条，驴的精子染色体数是31条，通过精卵结合发育成的新个体——骡子的染色体数是63条。骡子性成熟以后，再形成精子或卵子时，每条染色体都没有相对应的同源染色体进行配对，这样每一条染色体分到哪个配子里是随机的，就可能有马的1条染色体和驴的30条染色体形成一个配子，另一个是1条驴的染色体和马的31条染色体形成一个配子；再由马的2条染色体和驴的29条染色体形成一个配子，另一个是马的30条染色体和驴的28条染色体形成一个配子……依此类推，这样就可以产生232（接近429 500万）个不同类型的配子。
在这些配子中，只有配子里的染色体完全来自于马的，或来自于驴的，这样的配子才有生育能力。
当骡与马或驴回交时，就有(1/2)32的机率能生出马，有(1/2)32的机率生出驴，但不能再生出骡子来。这就是骡子不能下崽的原因之所在。
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