菌种质量的检测包括感观指标、微观指标和生化指标，通过各种检测手段，可以鉴别某菌种是什么食用菌菌种（分类地位），但要鉴别某菌种是不是可以应用到生产上，菌种优良程度就不容易了，这是一个综合性指标，不是某单一指标就可以决定的菌种的优劣。（1） 子实体形状蘑菇一般以子实体色泽、圆整、大小等形态特征等商品要求作为菌株鉴定的宏观指标。
这些指标也是品种的经济指标。如子实体大小适中，色洁白，柄粗短为优良。（2） 菇峰期长短指每批菇持续产菇时间和两批菇之间间隔时间长短。蘑菇，一般匍匐型菌种出菇温型较高，菇峰期集中，间隔时间也短；气生型菌株出菇温型略低，菇峰期较长，间隔时间也长些。
这与该品种对培养基同化能力有关系，与各种外界条件也有一定关系。一般菇潮多，两菇潮间隔时间短为产量高的优良菌株。（3） 出菇快慢和难易以快出菇（第一潮菇）、出好菇作为菌种优良的一种指标，因其便于栽培，便于管理。凡具备生命力强，基质失重率高这些特征的菌株均可以作为优良菌株栽培。
（4） 折干率子实体干燥率与子实体含水量有很大关系，一般说较适应恶劣环境、抗逆性强的优良菌株，干燥率较高。
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