纳税人与税务机关有了争议，应按有关的税法规定，向上一级税务机关提出复议申请。只有对上一级税务机关的复议裁决仍然不服，才可以在按税务机关的决定交纳税款的同时，并在有关税法规定的期限内，以作出复议结论的税务机关为被告，向第一次作出征税决定的税务机关所在地人民法院提起行政诉讼。
如果复议改变了原决定，也可向复议的税务机关所在地人民法院提起行政诉讼。但根据《税收征收管理法》第88条第2款的规定，纳税人不是与税务机关发生一般的争议，而是对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，有两种处理办法：一种是在接到处罚通知之日起或者税务机关采取强制执行措施、税收保全措施之日起15日内，向作出处罚决定或者采取强制措施、税收保全措施的机关的上一级机关申请复议，对复议决定不服的，可以在接到复议决定之日起15日内，再向人民法院起诉。
另一种是当事人在接到处罚通知之日起或者税务机关采取强制执行措施、税收保全措施之日起15日内，直接向人民法院起诉，而不经过申请复议的程序。根据法律规定，不管是在申请复议期间还是在法院审理此案期间，强制执行措施和税收保全措施不停止执行。
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