一是产品适用面较窄，仅纳税人可以购买。由于个人税优健康险是专属产品，适用范围仅限于纳税人群，但这不便于单位集体投保，因为集体中可能存在非纳税人群(如收入低于个人所得税起征点者)。
二是与现代企业医保、社保之间的衔接需要一定时间。因为个人税优健康险一般针对团体展业的保险，如果企业出钱或加薪，可以增加投保率，但企业这样做则意味着成本增加和保障重叠，所以企业需要逐步改变自有医疗计划，使其变成相互补充的关系。
三是个人投保纳税处理的便利性问题。目前，获批产品销售资格的保险公司多以团险形式开展业务，个人投保则需要面临一系列冗杂的税务问题，影响了个人投保的积极性。
四是2400元的税优额度略偏低。虽然购买个人税优健康险后，投保人可以享受每年2400元予以税前扣除的福利，但这一额度并不高，尤其针对年龄大的人群。
五是保险公司态度谨慎。
个人税优健康险经营定位为大病保险的补充，保本微利，并对经营这一业务的信息系统、人才储备、资金管理、展业资源等方面提出了较高要求，如其中医疗保险简单赔付率不得低于80%;不得因被保险人既往病史拒保，并保证续保;提供健康管理服务;初期自行进行系统建设等，因此保险公司基本会处于勉强维持盈亏平衡的状态，各家态度相对谨慎。
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