华山医院神经外科1953年建科，在学科创始人史玉泉教授、杨德泰教授和将大介教授等的不懈努力下，学科不断发展，1955年举办中国第一届神经外科进修班，1958年招收中国第一个神经外科研究生，1981年第一批被评为博士点，1982年被定为WHO神经科学研究与培训中心。
在现任主任周良辅院士的领导下，神经外科持续快速发展，1989和2002年连续被国家教委批准为国家重点学科，“211工程”一、二期建设学科，1991和1996年被评为卫生部重点建设临床学科，1995年成为上海市领先学科，2000年组建“上海市华山神经外科（集团）医院”和“上海华山神经外科（集团）研究所”，2001年成为复旦大学“重中之重”建设学科，2001年被命名为“上海市神经外科临床医学中心”，2004年成为“上海市神经外科急救中心”，2002年至今连续被批准为国家继续医学教育基地。
2006年成为国家神经外科专科医师培训基地。2011年成为“国家临床重点专科”。属国内主要的神经外科中心，在神经外科的临床医疗、科研和教学等方面始终处于国内外先进水平。自建科以来，长期培养硕、博士研究生和住院医师等神经外科专科医师，举办进修医师学习班、颅底学习班等各项继续教育项目和各类国际和国内学术会议，为国家培养了大批神经外科各级人才。
2012年门诊总量达69708人次。急诊6385人次；院本部神经外科手术量共计4354例，浦东分院手术量为3493例，集团医院分院手术量共计3273例，华山医院神经外科集团医院手术总量为11120例。共进行血管造影2300，血管内介入治疗503例，伽玛刀治疗例数为2114,射波刀治疗总数为758例；神经外科的临床治疗总数为16795例。
院本部的普通病房全年住院人数为5518人次，平均住院日13。89天,床位使用率为101。22％，全年周转率为64。56 (次/床)，死亡率为0。79％。 总院和分院共有床位500余张，其中总院200余张，分院300余张；总院拥有8个神经外科专用手术室，配备有术中核磁共振2台、神经导航系统3台、手术显微镜8台、微型快速磨钻8台、脑内窥镜3台，并有激光刀、超声刀、术中B超等先进设备；各个分院均按总院的标准建设，有专用的神经外科手术室、手术显微镜、微型快速磨钻、超声刀、术中B超等，配备1-2个医疗小组。
华山医院有射波刀、伽马刀、X刀、适形放疗、PET、CT、MRI、DSA等多种大型设备。有颅底外科实验室、脑血流实验室、显微外科实验室、细胞分子实验室、电生理实验室等。
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