般说来，孤独症患儿的预后好坏与发现疾病苗头早晚、疾病严重程度、早期言语发育情况、认知功能、是否伴有其它疾病、是否用药、是否训练等多种因素有关。
心理学研究发现，孤独症的实质的损害是认知障碍，表现在早期的分享性注意和扮演行为上。分享性注意是指与他人共同分享对某种事物的兴趣，当孤独症面对一种物品时不是与他人分享兴趣，而是要得到它，这种障碍是孤独症的早期症状之一。就象在前面第一部分中讲到的那样，不会进行扮演性游戏也是孤独症的早期表现之一。如果能发现早期症状，进行早期诊断、早期治疗无疑会对预后产生积极而有效的影响。
独症患儿没有独立交往的能力，不会根据环境要求改变自己的行为方式来适应环境，这种障碍随着年龄增大显得更为突出。伴有严重智力低下者，无任何言语功能、无法克制和难以治疗的尖叫、自伤等行为持续存在，直接威胁着生存，给教育和干预带来障碍，作为家长，是很容易辨认出孩子的这些异常的。
一部分患儿到青春期以后症状可有改善，古怪刻板的行为减少，社会交往和适应社会的能力或多或少地提高。但仍表现为与人交往困难，独来独往，回避他人；在不涉及社交能力时，也能干好某些简单、机械的事情。
早期或在确诊为孤独症之前已有较好的语言或言语功能者预后较好。尽管疾病本身使他们发展语言的潜能受到限制，但他毕竟是具有这种潜能或基础，使用药物效果比较好。
观察到高功能水平孤独症预后较低功能水平为好，报道16名6岁以下，IQ大于65的孤独症患儿，有半数可完成大学学业，能独立生活。即使是高功能水平孤独症儿童，其业余活动面或活动内容也是有限制的，不会做建设性的决策或提建设性意见。
伴有其它疾病者如严重先天性心脏病、癫痫、肝肾损害、结节性硬化等预后较差，伴有听力受损、特殊生活技能问题者预后较差。
