“水体自净”，顾名思义就是水体通过自身特有的机制清除污染并逐渐恢复洁净状态的现象。污染物投入水体会使水环境受到污染。污水排入水体后，一方面对水体产生污染，另一方面水体本身具有一定的净化能力，即经过水体的物理、化学与生物的作用，使得污水中的污染物得以降低。
经过一段时间后，水体往往可以恢复到受污染前的洁净状态，并且可以在微生物的作用下进行分解，使得水体由不太洁净恢复为洁净，这一过程就是水体的自净过程。水体的自净能力可以通过三种方式来实现：（1)物理净化。物理作用包括可沉性固体逐渐下沉，悬浮物、胶体和溶解性污染物稀释、溶合，浓度逐渐降低。
其中，稀释作用是一项重要的物理净化过程。（2)化学净化。化学净化是由于化学吸附、化学沉淀、氧化还原、水解等反应而使污染物浓度降低的过程。（3)生物净化。生物净化是由于水生生物 (包括植物、动物和微生物）的吸收、分解作用使污染物浓度降低的过程。
从生态学原理分析，它是通过复杂的食物链（网）来实现水体中污染物向外输出和转移的。水体自净的三种作用往往是同时发生，并相互交织在一起的。哪一方面起主导作用取决于水体的污染程度及水文学和生物学特征。一般来说，物理和生物化学过程在水体自净中占据主要位置。
废水或污染物一旦进入水体后，就开始了自净过程。这个自净的过程由弱到强，直到稳定的时候也就是水质逐渐恢复到正常的水平才停止自净。水体自净过程的主要特征:（1 )污染物浓度逐渐下降; (2)—些有毒污染物可经各种物理、化学和生物作用，转变为低毒或无毒物质；（3)部分复杂有机物被微生物利用和分解，变成二氧化碳和水。
随着自我净化过程的进行，水体中各种污染物的含量逐渐降低，有机物分解所生成的大量无机营养成分，如氮、磷等，使得藻类生长旺盛，藻类旺盛又使鱼、贝类动物随之快速繁殖起来。
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