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代谢组学在生物技术领域也有广泛的应用，如微生物方面代谢表型研究、品种改良、培养条件优化、微生物发酵代谢、益生群代谢、生物制葯等；另外，随着基因组学和蛋白组学的不断完善，代谢组学作为其下游组学，其结果可以与上游组学数据结合分析，实现多组学交叉验证，使数据结果更可靠。
