我国具有良好的发展农业生态旅游的条件:其一，地理经纬度跨度较大，多样的自然生态，气候、水文、植被、地貌、地形、土壤和地质等差异明显，蕴涵着极为丰富的农业生态旅游资源;其二，我国农业历史悠久，孕育了各具特色的丰富多彩的农耕文化;其三，随着人们生活水平的提尚和生态意识的觉醒，对农业生态旅游的需求将不断增长，拥有巨大的客源市场。
  
但是我国的农业生态旅游业开发历史较短，人们对农业生态旅游的特点缺乏综合认识，即以农业保护为核心和以农业生态为基础，对其文化内涵的高品位性，对其地域差异性、可塑性和季节变动，对其内容的专业性和广博性，对其高效益与低风险性等认识不充分;同时，人们对旅游与环境之间的关系尚缺乏科学理解。
  因此，农业生态旅游的发展及其资源的开发还停留在初级阶段。经营单位为了丰厚的利益或利润，导致对农业生态旅游资源的无序开发，忽视了开发对环境的影响和资源的破坏。
农业生态环境被污染
随着我国不断扩大开放旅游业发展迅速，但由于缺乏规划、管理和监督，农业生态旅游景区的环境污染日趋严重。
  据中国社会科学院环境与发展研究中心估计，按1993年价格指数，20世纪90年代初我国包括旅游开发不当在内造成的环境污染的损失高达1000亿元以上，占1993年国内生产总值的3%。其中，旅游对风景名胜区环境污染造成的损失最为严重。
农业生态旅游资源的粗放式开发和盲目利用
在开发农业生态旅游资源时，一些地方政府的相关部门缺乏深入的调查分析和全面的科学论证、评估与规划，便盲目地进行粗放式、探索式的开发。
  开发中轻保护、重收益，造成生态资源破坏、变相开发和环境污染等问题,。
同时，一些旅游开发企业变相开发，唯利是图，在农业生态旅游的幌子下，征得廉价的相应资源后，只搞一般性的旅游项目。他们仅从交通、食、住上进行简便处理安排，就招揽人们旅游，赚取利润。
  这种唯利是图的简便开发，泯灭了农业生态旅游资源的效用，远未体现旅游的功能，其开发。深度难以不断地吸引游客。
农业生态旅游资源被破坏
由于不当开发，使农业生态旅游资源遭到破坏。近十几年来，旅游业快速发展，在其开发中由于轻保护重收益的观念，致使景区人工化、森林区商业化，使得景区、林区乱砍滥伐加剧，造成森林生态环境系统失调和景区的和谐性、整体性遭到破坏，使得生物的多样性遭到严重的损失。
  当前，我国约4000多种被子植物受到存续的威胁，其中1000种、28种和7种分别为珍稀濒危物种、极危物种和灭绝的物种;63种、14种和1种分别为裸子植物濒危和受威胁物种、极危物种、灭绝物种。这将引起自然界生态平衡的紊乱，使农业生态难以平衡，从而影响农业生态旅游的可持续发展。
  
可见，我国农业生态旅游资源开发存在诸多问题，应该高度重视并遏制那种不惜以农业生态旅游资源为代价来获取利润和把农业生态旅游资源消费摆在首位的做法，使农业生态旅游走上科学有序的轨道。这是我国开展农业生态旅游首先应解决的问题。