（1）重金属重金属对人体损害机理是与蛋白质结合成不溶性盐而使蛋白质变性。人和动物通过饮食和富集大量重金属而出现中毒症状，其中以镉、铅、汞、砷最为常见。① 镉：镉是食品中最常见的重金属污染种类之一。镉可在人体内蓄积，引起急性或慢性中毒，形成公害病。
  镉对肾脏有毒性作用，有害于个体的发育，可致癌、致畸，已被世界卫生组织列为八大公害之一。食用菌产品中镉的来源主要是栽培环境，包括土壤、水源、空气和培养基质。对于采用覆土栽培的食用菌，产品中镉的含量来自基质和覆土材料。如姬松茸产品中镉的含量主要来自牛粪、稻草和覆土材料。
  经分析测定，以牛粪和稻草为培养基，牛粪中含量最多，稻草其次，土壤再次。环境中镉的来源主要是电镀废液、金属提炼厂的废气和烟雾及含镉的金属容器。② 铅：铅也是食品受重金属污染最常见的种类之一。铅对人体危害涉及神经系统，造血器官和肾脏。铅污染的来源主要有受污染的基质，生产环境中主要来自含铅的水源、土壤、汽车尾气所带来的污染，含铅的工具、器皿在食用菌加工、储藏、运输过程使用也会引起铅污染。
  ③ 汞：汞在自然界进入水系后，经过自然生物转化变成神经毒素甲基汞（CH3-HgCl）。汞可在人体内集聚，人体汞中毒后的典型症状是感觉障碍、视野缩小、运动失调、听力障碍、语言障碍、神经错乱。日本著名的水俣病就是汞污染造成的。污染的主要来源是来自含汞的农药和含汞工厂的三废排放。
  ④ 砷：砷对人体和动物具有致癌、致畸、致突变的作用。砷因其氧化物在人体内的不同量而产生急性中毒或慢性中毒。砷的来源主要是某些杀虫剂，某些饲料添加剂中也含有砷的成分。在食用菌生产中勿选用配制含有砷成分的饲料麸皮，在病虫害防治过程中，避免选用有砷成分的试剂。
  （2）化学物质以下各项是人为操作过程可能造成的食用菌产品污染。① 塑料制品带来的有毒成分：食用菌栽培中使用的菌袋，覆盖的塑料膜，包装用的食品袋，腌制品用的包装桶均为塑料制品，这些塑料制品在制造过程中需要加人增塑剂，增塑剂主要成分以苯酐为原料的邻苯二甲酸酯类，最常用的有二甲酸辛酯、二异辛酯、二丁酯和二异丁酯等4种。
  若使用含有以上有毒成分的塑料制品可释放出有毒的气体为菌丝或子实体吸收而造成污染。采用聚乙烯薄膜袋的污染小，包装桶推荐用聚酯（PET）包装桶。② 煤炭和木材燃烧引起的污染：在食用菌加工中，特别是烘烤加工采用煤炭或木材为燃料。这些燃料燃烧过程中，会产生如二氧化硫、萘、木酚、正壬酸等化合物。
  这些有毒物质会因子实体吸附而造成产品污染。③ 保鲜剂、添加剂带来的污染：在食用菌鲜品的内外销售过程中，为了延长保鲜期或长途运输，常需要经保鲜处理后运输销售。保险方法除气调保鲜外有的采用化学保鲜，如焦亚硫酸钠等，此类的试剂会造成子实体中硫化物超标。
  如蘑菇的硫化物超标主要是来源由如下两个方面：一是蘑菇培养基质中的硫化物成分代谢进入子实体，如在培养基中加入过量的硫酸镁、硫酸钙等；保鲜蘑菇采用亚硫酸钠、偏亚硫酸钠或硫代硫酸钠抑制鲜蘑菇褐变，进行化学保鲜，均可造成硫化物含量超标。二是环境中因使用煤或木材等燃料，造成硫化物气体被子实体所吸附。
  可能导致食品污染的外加物还有食品添加剂。有的食品添加剂对保持食品的营养成分和质量有益，有的食品添加剂本身在添加过程中会与食品产生特殊反应，引起中毒；有的产生化学反应或生化反应转化为有毒代谢产物；有的添加剂本身无毒，但由于成分不纯，而不纯的成分正是有害的成分，因而添加剂不纯造成污染。
  添加剂的日益增多和滥用已成为一种食品公害。任何食品添加剂都必须经过严格的毒理试验才能使用。（3） 加工过程形成的嫌忌成分造成的污染食用菌在加工过程中会产生嫌忌成分造成的污染，如腌制过程产生的亚硝酸盐成分和保鲜、漂白加入的亚硫酸盐。食用菌产品中的亚硝酸盐主要来源于培养基中添加有硝酸盐或亚硝酸盐的成分，覆土栽培的产品亚硝酸盐成分还可能来自含有大量使用硝酸铵的土壤。
  亚硫酸盐来源于添加有硫酸盐的基质，或来源于保鲜剂及环境中的有害气体。（4） 病原微生物病原微生物的污染是指在食用菌生产、加工、储运过程中造成的有害微生物的污染。这种污染可能是生产过程造成的，也可能是加工过程造成的。污染的介质为水、空气、操作人员、加工设备、包装物、储存环境等。
  常见的有害微生物如沙门氏杆菌、大肠杆菌、肠毒素、肝炎病毒等。对食用菌产品除防止各种化学物质污染外，主要是预防为主，进行规范化栽培和标准化加工。严格按照食品加工的质量要求进行各操作环节安全卫生标准控制。（5） 微生物毒素微生物毒素对食用菌产品的污染主要有两个方面：一是微生物直接污染，产品在加工、储存过程中受微生物侵人，微生物分泌毒素造成食用菌产品变质、变味、变色成为受污染物；二是间接污染，食用菌栽培基质原本或在栽培过程中受微生物侵人，微生物分泌的毒素并非直接污染食用菌产品，而是在食用菌栽培基质中通过菌丝吸收从而污染子实体。
  黄曲霉毒素，产生肝毒性代谢物，毒素种类有许多，以可致癌的氏最为常见。棕曲霉毒素，是棕曲霉的代谢产物，由A、B、C三种同系物，以A的毒性最大，可致肝肾损害和肠炎。曲霉类在食用菌栽培中常是竞争性的杂菌，使用不新鲜的霉变粮食加工物易受此污染。小柄曲霉毒素是致肝癌毒素。
  霉变甘薯毒素是甘薯被甘薯黑斑病菌和茄柄镰刀菌寄生后生理反应产生的次生产物，并非霉菌本身的代谢产物，主要的毒素成分可导致人畜肺气肿、肝损害。镰刀菌毒素，分布在土壤中，能污染与土壤接触的有机物，食用菌产品摊晒在地面上可受镰刀菌污染，其毒素可致人体白血球减少、皮炎、皮下出血、黄疽、肝损伤。
  青霉素，某些青霉品种分泌的毒素有强烈的致癌作用。污染食用菌产品的细菌毒素主要有沙门氏菌毒素、葡萄球菌肠毒素。我国蘑菇罐头曾出现葡萄球菌肠毒素污染而造成出口大量下降的教训。沙门氏菌毒素可导致人体急性胃肠炎；葡萄球菌毒素中毒后2~3小时可发生流涎、恶心、呕吐、痉挛及腹泻等症状。