种子质量包括品种质量和播种质量。品种质量实际上就是种 子真实性和纯度，播种质量则主要是发芽率、净度、含水量以及 种子饱满度（千粒重）、健康度等。番茄制种中的质量问题主要有纯度、种子带病、种子千粒重低等。(1)纯度低的原因及其控制通常情况下，番前制种中品种质量问题主要是纯度（或杂交率）。
  纯度或杂交率低的主要原因 是：①未根据品种（亲本）特征特性进行严格选择；②去雄不彻 底，在去雄时拉断花药，又没有将残留雄蕊彻底去除导致自交； ③去雄时选择的花蕾接近开花，去雄时花药散粉导致自交，或在 温度高且湿度低的中午前后去雄导致散粉自交；④未及时摘除 未去雄杂交的花朵或果实，而在采收时未区分杂交标记，特别 是在未作杂交标记的情况下，更加容易导致自交果作为杂交果 采收；⑤种子采收£:脱粒、干燥、贮藏等过程中发生机械混 杂。
  为了获得高纯度的种子，需要特别注意上述可能导致纯度 下降的因素，只要严格按照要求制种，番茄种子纯度是能够控 制的。(2)种子带病及其控制这主要与制种过程中的管理和种子脱粒方式有关，有的病害如早疫病、菌核病、叶霉病、枯萎病、 溃疡病、病毒病等种子可带病，如果从病株上采收种子，则可能 通过种子传染。
  所以，在制种上必须注意病害的防治工作。另 外，可以对采收的种子在进行机械去毛后进行加工处理（包括用 含有相应药剂的包衣剂处理)。(3)生活力低及其控制发芽率、发芽势、种子千粒重等均 是种子生活力的指标。一般情况下，番茄制种上种子发芽率均能 达到国家标准（85%以上），但可能发生种子发芽势低、种子千 粒重低等问题。
  发生这种问题的主要原因是由于留种果位偏高、 留种偏迟，导致果实高温逼熟、种子发育不充分。所以必须掌握 好制种的播种期和杂交制种时期，确保留种果实有35天以上的 生长时间，同时注意果实发育期的肥力水平。同时，如果果实发 酵时遭受雨淋或浸水一可能导致种子发芽种子脱粒干燥后发芽 率降低；有的品种，其果实在发酵过程中即使未浸水，也可能发 生发芽现象，对于这样的品种，最好采用酸解法脱粒；果实发酵 时间过长也将降低种子发芽率。