八旗的军事组织制度是由满族的首领努尔哈赤所制定。努尔哈赤起初将自己的军队分编为四旗，各旗以纯色作区分，分别是：黄、红、蓝、白的正四旗。随军队壮大，四年后又增设四旗，并在原纯色周围嵌上其它颜色，称为镶黄、镶红、镶蓝、镶白，合称八旗满洲。满人靠着这军事组织制度，于1644年乘明朝内乱入关，赶走刚刚取代明朝的大顺政权，并继续南下征服原属明朝的领土。
1601年（明朝万历二十九年），努尔哈赤将原来牛录这一临时性的生产和军事组织，根据战争的需要，改编成长期的正式组织，平时不需务农及狩猎，成为职业军事制度。规定每三百人设一牛录额真（亦称“佐领”），每五牛录设一甲喇额真（亦称“参领”），每五甲喇设一固山（gūsa，即旗）额真，每固山额真左右设两梅勒额真。
正白、正黄、镶黄为“上三旗”（亦称内府三旗），隶属亲军，其中正黄旗旗主由满清皇帝兼任，其余五旗为“下五旗”。日本学者中山八郎认为，“八旗成立当时是五、六万乃至十万内外；入关前后的兵力为二十五万。”成分很复杂，旗人里面有女真、蒙古、汉、赫哲、鄂温克甚至还有俄罗斯人。
旗人制度本身是一种奴隶制，下层旗人是上层王公的奴隶，王公贵族又是皇帝的奴仆。八旗军队就是皇帝的近卫军。清朝将八旗军队看成是维持皇权统治的核心力量。清朝初年，在上层统治阶层中，统帅八旗的王公贵族占据主体。上层的王公贵族，成分多是当年被努尔哈赤收服的各部落的首领家族，或是投靠努尔哈赤的军队首领的家族，皇帝家族通过与这些家族结亲，形成血缘关系，构成了上层的贵族阶层。
王公贵族们本身的民族成分也很复杂，有蒙古人，有汉人，有女真人，有回人，这些贵族家族就是统帅个八旗军队的首领，普通的旗人就是隶属于各自首领家族的奴才。清末的铁帽子王僧格林沁，出身蒙古八旗的王公。康熙的母亲，则出身汉旗的贵族。
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