目前深圳市除少儿及大学生以外的居民均已纳入医疗保险参保范围，可享受住院、大病门诊和普通门诊待遇。则少儿医保待遇相比其他居民的医保待遇要低。由于住院医疗保险的缴费标准较低，为本市上年度在岗职工平均工资的0。8%、2010年为374元（注：居民参加综合医疗保险缴费标准最低为本市上年度在岗职工月平均工资的40%的8%、2010年为1495元），且财政补助200元、家庭或个人只承担174元，比原来少儿医保只增加100元。
按目前的缴费基数3894元来计，全年为374元，财政每人每年补贴标准也相应提高，即200元/年，这样少儿每年个人所需缴纳的医疗保险费约174元。 住院起付线降低了200元。 提高了住院医疗费用的记账比例，由原来的分段支付80%至90%提高到全部按90%记账。
前少儿医保的定点医疗机构数量不太多，只有58家，对参保人就医有一定的局限性。而住院医疗保险参保人住院和大病门诊就医的定点医疗机构全市有905家，数量和可选性远大于少儿医保。另外目前少儿医保参保人自行转诊的医疗费用不予报销，纳入住院医疗保险后自行转诊的费用也可以按比例报销。
