说到其原因，不得不提及当年慈禧太后逃亡的那段历史。八国联军入侵北京的时候，虽然义和团和北京军民都英勇抗争，但因为清政府的腐败无能，北京还是被攻克了。慈禧太后生怕出现闪失，便抛下皇宫，急忙领着贴身侍卫，化装成普通的老百姓，仓皇西逃。因为走得特别匆忙，带出来的食物不多，没几天便吃完了。
  慈禧一行人不敢暴露自己的身份，不便向当地的官僚部门求援，走的又都是荒山野岭，只希望能路过一户人家讨点食物来解饿。可是一路走下来，哪见到什么人家啊，周围尽是树林子、野山。慈禧饿得都快坐不住了，便连骂身边的太监无用，太监们个个都着急万分。就在这时，有一个名叫贯世里的随从，身上还留有一个从民间要来的玉米面窝窝头，便掏出来进献给了慈禧太后。
  俗话说：“饱了喝蜜蜜不甜，饿了吃糠甜如蜜。”平时吃惯山珍海味的慈禧太后这时竟也将这粗劣不堪的窝窝头吃得津津有味，还连声称赞：“好吃！好吃！世间怎么有这么好吃的物什呢！”很快，丧权辱国的《辛丑条约》便签订了，八国联军退出了北京。慈禧见八国联军退出了，便急急地又回到了北京，又过起了“吃香喝辣”的生活。
  可是山珍海味吃得久了，难免会腻味，慈禧太后又想起了那又香又甜的窝窝头，于是命令御膳房赶紧做来给自己吃。慈禧太后的懿旨可把御膳房的一众厨师们给难住了！窝窝头本就是粗粮，只有民间贫穷的老百姓才会吃，一般的富贵人家只食精米精面，对这种玉米面窝窝头躲闪还来不及呢，慈禧太后身份如此高贵，会看得上从民间来的窝窝头吗？自己按照民间的做法做了，惹慈禧太后的厌可怎么办呢？但厨师们又深知慈禧太后的性情暴戾乖张，哪敢违抗旨意，于是便依照民间窝窝头的式样，另加进一些黄豆粉和大量白糖，还有桂花，精心制成了小窝头，松软甜美。
  慈禧太后吃了，果然喜欢。从此以后，小窝头便成了慈禧太后食谱上的一道菜。清朝统治被推翻后，小窝头和其他清宫食品一样，流传到了民间，成为北京著名的风味小吃。