1、申报。
符合条件的养殖场自愿申报，向所在县级农业（畜牧）部门提交项目申报书，详细说明项目建设内容（包括设备名称、型号、规格、数量、造价、投资金额等），特别要明确细化省级财政补贴资金建设的内容、金额。
2、确认。
县级农业（畜牧）部门组织专业技术人员指导协助项目单位申报，负责审核推荐，提出每个场推荐理由（项目的必要性、可行性、是否在非禁养区等），制作PPT材料（包括养殖场全景、设施设备情况和粪污处理模式设施照片），与县财政局联文报设区市汇总。
设区市农业部门认真审核申报材料，并与县级农业（畜牧）部门共同逐场察看，提出审核意见，将项目申报书、PPT材料和申请汇总表上报省农业厅。不符合申报条件的一律不上报。
3、评定。
省农业厅会同省财政厅组织专家评审，按照竞争性原则进行筛选立项，并在福建农业信息网公示，公示7天无异议后批复实施。
4、验收。
项目单位要严格按照建设内容抓紧实施，建成后及时向县级农业（畜牧）部门提出验收申请，县级农业（畜牧）部门接到项目单位验收申请后的10天内，根据项目建设内容、建设标准和验收办法，会同县级财政部门，邀请县级监察部门参与，组成验收组实地初验收。
市级农业部门根据各县初验情况，会同财政部门，并邀请监察部门参与，组成验收组实地验收，主要查验项目建设内容完成情况，账务建立情况和是否达到零排放或达标排放等。
对验收合格的，7天内出具验收报告。
验收不合格的，验收组及时向项目单位提出书面整改意见，项目单位按时按质按量整改完成后，提出第二次验收申请。
对经第二次验收后仍然不合格的，取消补贴资格。
市级农业部门对验收合格的汇总上报省农业厅一式两份、省财政厅一份。
验收组织单位需对提供的验收结果真实性负责。
对擅自降低验收标准，套取补贴资金的，将追究验收人员、组织验收单位责任，并取消补贴资格，暂停该县下一年度补贴项目。
5、拨付。
县级农业（畜牧）、财政部门根据验收结果，将拟下达的补贴项目公示7天无异议后，拨付补贴资金。