他因为右肩习惯性脱臼，体检不合格，未去服兵役而遭到质疑。在舆论的压力下，他只能选择去服兵役。报到的第二天，他就因手臂脱臼被送到了医院，之后陆续又发生过多起脱臼，直到1998年，吴奇隆才因为收到不合格的通知，正式退伍。此后一年多，吴奇隆没有收入，可是家中的巨债还等着他来还，除了继续玩命工作，吴奇隆别无他选。
吴奇隆为什么没有服兵役
1994年，吴奇隆体专毕业后，由于运动伤害造成右肩习惯性脱臼，两次兵役申请复检都判定为不合格。但其后三年经复检八次，吴奇隆的兵役问题却一直没有结论。期间吴奇隆因此错失很多日本、韩国演出机会，王家卫的重庆森林、堕落天使和琼瑶的还珠格格等都曾找过他，却无法接下。
1997年，在吴奇隆的兵役体检快要被判定为不合格时因舆论的介入造成了逆转。当时的男大学生们，对他能拍打戏却不能当兵进行质疑，要求他必须服兵役。
1997年2月17日，吴奇隆报到开始服役。2月18日，手臂脱臼被送医院急诊。7月27日，因陆续五次严重脱臼，自费到荣总医院再次开刀手术，但康复情况不理想。1998年4月10日，被通知暂时停役返家等候验退。9月22日，收到通知判定为不合格，退役。
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