咖啡牛奶斑可以由多种互不相关的原因产生：
一、神经纤维瘤病：青春期之前出现6个以上直径大於5毫米的咖啡牛奶斑，或青春期後出现6个以上直径大於15毫米的咖啡牛奶斑，是Ⅰ型神经纤维瘤病的诊断标准之一。
二、遗传性因素：在未患有神经纤维瘤病的患者中有家族性多发性咖啡牛奶斑的倾向。
三、咖啡牛奶斑可以由罕见的多骨纤维发育不良的白癜风所引起。
四、Legius综合征
五、结节性硬化症
六、范科尼贫血，一种罕见的遗传性疾病。
七、自发性咖啡牛奶斑
八、共济失调毛细血管扩张症
九、基底细胞痣综合征
十、良性先天性皮肤损伤
十一、布卢姆综合症
十二、白细胞异常色素减退综合征
十三、先天性色素痣
十四、戈谢病
十五、亨特综合征
十六、马弗西综合征
十七、多发性粘膜神经瘤综合征
十八、罗素–西弗综合征
十九、沃森综合征
二十、威斯科特-奥尔德里奇综合征
咖啡牛奶斑是良性疾病，本身不会造成任何损害。
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