母种即为原始菌种，也称作一级菌种，是从孢子分离或组织分离所获得的纯菌丝体。母种的扩大培养也称作继代培养，或称移植、转接、转管等。自行分离或引进的原始菌种，一般数量很少，不宜直接用作培养原种，需进行扩大转接，一部分用来继续转接母种，一部分用于保藏。
  从保藏条件下转管活化扩大培养的菌种，也为一级母种，可直接转人原种生产。母种培养一般常用玻璃试管斜面培养基培养，便于观察、鉴别，且易于保藏。
(1) 接种前的准备工作母种的接种操作，一定要严格按照无菌操作规程。接种前接种室、接种箱或洁净工作台都应打扫干净，用湿布擦拭桌面。
  洁净工作台应用75%的酒精棉球擦拭干净，接种工具和灭过菌的培养基有次序地摆在台上，接种室便可开启紫外灯照射，或用高锰酸钾-福尔马林熏蒸，洁净工作台应启动10分钟。操作人员用肥皂水洗净手后，换穿接种专用工作服、帽和拖鞋，方可进人接种间操作。
(2) 接种操作进人接种室后，先用75%的酒精棉球擦拭手部，风干后即可点燃酒精灯，将一支斜面母种与一支待接斜面培养基试管放在左手掌心，再用手指夹紧试管，右手拿接种针，将管口棉塞扭动并稍拉出一些，针头和下部外杆沾酒精后在酒精灯火焰上
烧灼灭菌。
  用无名指和小指，或小指与手掌配合夹住两个试管的棉塞并拨出，试管在火焰上灼烧，管口尽量靠近火焰的无菌区，将接种针迅速插人原种试管内，为防止烧灼的针头烫死菌种，可将针头先接触管壁上的蒸发水滴或未长菌丝的培养基边沿，然后迅速挑取豆粒大小的一块菌丝体连同少量培养基，移入待接试管斜面培养基的中部，移菌时不能让挑取的菌种接触管壁，取出接种针，将两个试管口在火焰上烧灼，棉塞塞人试管内部分也在火焰上微燎并迅速塞人各自试管口，一支母种可扩大转接20支左右试管。
  母种培养可分为纯培养和混合培养两种类型。纯培养指在培养基上仅对一种菌种进行单独培养。若有其他菌种存在，将会影响其生长。药用真菌中绝大多数菌种都属纯培养，如灵芝、黑木耳、香菇、云芝等。为了满足某种真菌在生长过程中对营养的要求，伴生其他菌种进行培养的方法，称作混合培养。
  如银耳菌丝体难于分解木材中的纤维素，生长十分缓慢，需要伴有香灰菌，以帮助银耳分解纤维素变成可吸收利用的营养成分，将分离到的银耳和香灰菌纯菌种，单独纯培养，然后按一定比例混合培养到一支试管培养基上，待两者长在一起后，即可用来培养原种。
有时母种扩大培养也用液体菌种。
  药用真菌深层发酵培养过程，常用500毫升或1000毫升的三角瓶生产种子，然后转人种子罐，种子罐菌种长好后转人生产大罐。在500毫升的三角瓶中，装人150~200毫升液体培养基，灭菌后在无菌室或洁净工作台上，从已生长好目的菌丝的斜面菌种试管中，切取一块生长了菌丝的培养基，接人三角瓶中，经过5~6天振荡培养，待培养基已澄清，菌球达到一定数量，即可继续转接扩大液体菌种到所需要的数量，便可直接用于原种生产。
  用液体菌种培养原种，菌种在原种培养基中分散均勻、发菌快，可缩短培养时间。