药用真菌病害可分为两类：一类是由于受到其他有害微生物的侵染而引起的病害，称为病原性病害或侵染性病害，包括真菌侵染、细菌侵染、病毒侵染等；另一类是由于不适宜的环境条件或不恰当的栽培措施所引起，称为生理性病害或非病原病害。药用真菌的病害危害菌丝体和子实体，使菌丝体萎缩、死亡，子实体畸形、腐烂，造成生产上严重的经济损失。
  竞争性杂菌则与药用真菌争夺养分、水分和生存空间，或分泌毒素抑制药用真菌的生长，引起药用真菌局部性减产或成灾性的危害。(1) 真菌类病害真菌病害有干扰性病害、竞争性病害、寄生性真菌病害。干扰性病害和竞争性病害病原物不直接侵害寄主菌丝体和子实体。
  其中病原体分泌的“毒素”能抑制药用真菌菌丝体和子实体生长发育的被称为干扰性病害。由于有害菌的存在夺取了药用真菌生长发育所需的足够营养的被称为竞争性病害。但干扰和竞争有时并不容易截然分开。引起干扰性病害和竞争性病害污染的真菌多属于半知菌类中的曲霉属、青霉属和木霉属、链孢霉属、毛霉属及根霉属的真菌，如绿霉、红霉、黄曲霉、黑曲霉、白曲霉等。
  寄生性真菌病害，病原物直接从寄主的菌丝体或子实体内获取养分，使药用真菌的正常新陈代谢受到阻碍，从而致使药用菌的产量和品质下降。研究报道最多的是褐腐病、褐斑病、软腐病、猝倒病等。真菌病害污染原因：菌种瓶填料后没有马上清洗或清洗不干净，为杂菌滋生提供场所；使用劣质、短绒棉花做棉塞，灭菌过程棉塞受潮，加上棉塞制作过于松散，有利于杂菌孢子顺着棉塞和瓶壁之间侵入；棉塞经过高压灭菌后部分脱脂，在梅雨季节空气相对湿度高，棉塞吸潮等；灭菌不彻底，培养基中的杂菌没有被杀死。
  防治措施如下。① 以预防为主：严格选用培养料，配方合理，含水量适中，封口严密；选用优质塑料袋，搬运时要防止毛刺刺破；灭菌时排列合理，以保证受热均匀；排足冷气；冷却室要求洁净；接种过程严格无菌操作。② 药物防治为辅：采用托布津、多菌灵对抑制杂菌有一定的效果。
  实验表明添加0。1%多菌灵可大幅度降低污染率。也可用石灰粉扑打接种孔穴，造成偏碱性环境，以防喜酸性杂菌孢子萌发、定植、蔓延。菌种的生产主要靠彻底灭菌和规范化的无菌操作来保证菌种的纯度，药物防治尽量少采用。③ 及时检查处理：勤检査，发现有污染立即处理。
  菌筒污染初期立即回炉灭菌后拌上新料重做。少量、局部的污染可在污染处用针筒注入75%酒精或1%福尔马林液，以抑制杂菌的蔓延，针孔处贴上胶布块。后期若发现菌筒严重污染，将污染的菌筒集中灭菌两小时后取出埋掉，以防止环境杂菌密度升高而引起重复污染。④ 生态防治：栽培种制作期必须尽可能地与各种杂菌的最佳生态条件错开，以减轻污染。
  如控制温度和湿度，以便接近所培养的药用真菌的最适温度、湿度区域。(2) 细菌性病害从药用真菌的菌种制作到栽培过程中，都极易受到细菌的污染。主要有：①细菌湿斑病又称酸腐病，病原菌为芽孢杆菌属，是使母种受害的细菌。②细菌性褐斑病又称细菌性斑点病，病原菌为假单胞菌。
  细菌属单细胞微生物，个体微小，呈球状、杯状、螺旋状等。细菌菌落表面多数光滑、湿润、半透明或不透明。细菌性病害的共同特征是使感病组织急性坏死，在子实体上引起斑点，后期如遇到潮湿的气候，感病的部位常溢出许多黏液。细菌污染的主要原因是灭菌不彻底。原因如培养料浸泡过湿，填料过松，灭菌锅内菌瓶排放过紧，灭菌过程升温过快造成假压，放气不够或控温时间过短等，均可造成灭菌不彻底引起细菌污染。
  (3) 病毒病害病毒是结构简单的微小粒子，无细胞结构，只有一种核酸，只能在特定的寄主细胞内由寄主提供物质和能量，以核酸复制方式增殖，在活体外没有生命特征。成熟的具有侵袭力的病毒颗粒称为病毒粒子，它有多种形态，呈球状、杆状或丝状。真菌病毒与其他各种病毒一样，都是专性活物寄生，它只能生活在活的真菌菌丝细胞或孢子中，因此药用菌病毒传播有两种方式：一种通过带病毒的菌丝传播，如果带毒的菌丝片段与正常的菌丝体结合，菌丝体之间会发生自然融合，这样通过细胞质的交换，病毒粒子可以传播到健康的菌丝体中去；另一种通过带毒孢子进行传播，一个子实体可产生十亿多个孢子，孢子很小，可以随风飘动，使带毒孢子很快传播扩散，在电镜下可以观察到带毒孢子内含有大量病毒粒子，而且带毒孢子的生命力很强，可以存活数年。
  发生规律及防治方法：感染病毒病的真菌菌丝生长明显减慢，菌丝稀疏或紊乱，已经长出的子实体明显小而畸形，严重时不分化出菌盖，菌柄伸长呈弯曲状，其上通常有褐色斑点或条纹，菌柄和盖往往呈水渍状，甚至有腐烂斑点，子实体早熟，一开伞就释放孢子，而且比正常孢子萌发快，易造成再次传播。
  目前对病毒病的防治主要是杜绝侵染源。栽培房及其用具要彻底消毒，栽培房通风时要使用高效的空气过滤装置，以防外来带毒孢子的传人。使用的菌种必须经过病毒检测，防止带毒。(4) 生理性病害及其防治当生态环境条件不能满足药用真菌发育所需的最低要求时，就会发生生理代谢性障碍而使菌类畸变，这属于非侵染性病害。
  ① 在菌丝阶段表现为菌丝萎缩或徒长，在子实体阶段则表现为畸形。大多数药用真菌生理性病害产生的原因基本相近，主要由于培养料配制不合理，培养料含水量过多，培养时二氧化碳浓度过高等原因造成的。② 子实体阶段的生理病害主要表现为畸形。发生原因：栽培场地通风不良，氧气不足，二氧化碳累积量过高；管理不当，高温、高湿、日夜温差小，出菇时喷水过多，光照不足，使用农药浓度过高或施药不当产生药害等。
  防治方法：针对原因采取相应措施即可。