60年代初期，学者多依据心理分析理论，亦认为是后天养育环境因素造成自闭症，因而主要采取游戏治疗、或非结构性的团体治疗，但是仍未见有显著的效果。 60年代后期，Foster教授(1964)开始采用区分增强(PRO)尝试改变自闭症者的问题行为并有良好效果之后，行为改变技术迄今仍然教师善用、且是改变自闭症者诸多症状的有效方法。 70年代，学者鉴于前述治疗效果不佳，再加上医学科技之发现，因此提出先天性脑部功能损伤是引发自闭症的原因。 80年代起，由于认知学习论的盛行，学者据知从多种观点提出认知缺陷是影响到自闭症者的人际关系、语言沟通等领域的核心缺陷。 随着不同的时代潮流趋势与发现，学者对自闭症因此而有不同的剖解分析。学者仍然契而不舍的以现今的医学科技，企盼能够找到真正的解释，自闭症的原因至今仍是一个谜。虽然如此，多数学者从自闭症的主要症状，提出以生物学论为基础，说明行为(症状)—神经心理功能—脑部运作等三个层次之间具有因果链 (causal chains)的关系，而此关系亦同时说明了自闭症的症状与独特性。为了符合前述理论，多数学者认为以下的叙述可以作为原因的解释：自闭症系因生物学上的病因，如脆弱X染色体症候群或染色体异常(特别是第7、8、13、15、17、18对发生率最多;但又以第15对出现率最高，最具关键型发生因素;第14、20对则从未是造成自闭症的报告)、或胎儿初期感染德国麻疹或结节性硬化症、或苯酮尿症等疾病引发的新陈代谢障碍、或流行性感冒病毒或细菌感染、及脑伤等因素，而在胎儿或婴幼儿的脑部造成广范围的损伤，并在大脑内某个「最后共通途径」产生特定的疾病，因而造成认知缺陷，并引起沟通(包含扮装)、社会性及仪式化行为等领域的障碍。 从生物学上的发现，可以看到与其它身心障碍类别的病因有类似之处，因此学者再企图从神经心理学的角度对「最后共通途径」拟作进一步的诠释。针对这「最后共通途径」，从脑部运作与神经心理功能关系的论点来看，目前透过神经解剖、神经化学及电生理等医学科技之发现，至少可以找到初级颞区功能障碍 (temporofrontal dysfunction)、脑干功能障碍(brain- stem dysfunction) 与自闭症有关。然而学者又找到与注意力缺陷过动症候群及学习障碍类似的答案。因此，此部份的解释仍有待医学科技深入的探究。至于在认知缺陷方面，学者多专注在信息处理缺陷的解释，但仍有分歧的假设，主要可分为以下四种： 1.心理理论 (theory of mind) Baron-Cohen等(1995) 提出自闭症者系因缺乏了解自己和他人的心理状态所造成的，因此有无法认知他人脸部表情、或传达情感困难(但是能理解喜爱和简单的情感)、不会表达手势、无法理解他人有不同的讯息、无法区辨真实与外表、不会想象或欺骗假装、亦无法处理会话中的新旧讯息等社会沟通障碍。 2.情感论 (affect theory) Hobson (1989,1990,1993) 解释自闭症者因为无法接受或响应他人情感表达之内在情感缺陷，因而在婴幼儿期没有必要的社会性的经验以发展出社会性理解的认知能力。这说明了自闭症者的相互注意协调能力(joint attention)及模仿缺陷，但无法解释零碎天赋、视觉优势及仿说等症状。不过，此说法呼应了肯纳的主张。 3.执行功能 (executive function ) 论 Ozonoff (1992) 认为自闭症者可能是前额叶功能损伤造成的，因此有固执而刻板的常同行为、有限的兴趣表现、笨拙的动作模仿、自我中心的社会互动、欠缺情感反应、及高层次的抽象认知缺陷等症状。 4.中心连贯薄弱 (weak central coherence) 论 Sperber 和 Wilson (1986) 主张自闭症者系因其讯息处理能力无法将外界环境刺激转变成有意义的讯息，再将新旧讯息加以连贯起来，所有才会有精于积木排列组合或优异的机械性记忆力等零碎天赋的表现。 从上述的假设可以看出无论是坚持哪一种假设仍无法圆满的解释自闭症所有症状。
