心身疾病的治疗应强调综合性治疗原则，即在原发病躯体治疗的同时兼顾心理、行为等方面的治疗。原发病的躯体治疗主要目的是控制或解除症状，如溃疡病的抗酸治疗。要巩固心身疾病的治疗，减少心身疾病的复发，如果结合心理治疗与必要得精神药物治疗，常常可以获得更为全面的疗效。
心身疾病的治疗方式包括心理治疗、药物治疗、其他治疗。
心理治疗在心身疾病的治疗中，心理治疗应作为一种主要的疗法贯穿始终，帮助患者改变对疾病的不正确态度，并动员家属和有关方面共同配合治疗。常用的有行为治疗和认知行为治疗等。如系统脱敏治疗，即利用交互抑制和消退原理，将单个能引起明显焦虑的刺激，划分为若干由低到高不同等级只能引起微弱焦虑的刺激，将刺激反复暴露在患者面前，同时利用生物反馈方法训练患者放松，从而使刺激渐渐失去引起焦虑的作用。用来治疗高血压、溃疡病、偏头痛、支气管哮喘等心身疾病。认知行为治疗则是消除患者不恰当的错误认知，重建合理认知，从而缓解或消除患者抑郁等不良情绪，适合各种心身疾病的治疗。
药物治疗药物的合理利用可以为心理治疗创造条件，对提高患者的生活质量起到重要作用。
1、西医治疗
除了对各种具体患病器官的对症治疗外，大部分心身疾病患者是适用抗焦虑及抗抑郁药物治疗的，以控制患者的不良情绪为主要目的。目前临床上被广泛应用的抗焦虑药物有：丁螺环酮、苯二氮窧类，抗抑郁药物如帕罗西汀、舍曲林、氟西汀、文拉法辛、米氮平等。自主神经功能失调的患者，可服用谷维素以调节脑功能。对于难治的病例也可以在抗抑郁药的基础上，合用小剂量抗精神病药，无利培酮、奥氮平或喹硫平。
2、中医治疗
由于中医强调整体观念，对心身疾病特别适用。临床资料表明，小柴胡汤、龙骨牡蛎汤、半夏厚补汤、承气汤、甘麦大枣汤、逍遥散、建宁汤等常用方剂，对精神因素引起的躯体病理反应者有良好效果。为了能使用得当，必须根据中医辨证施治的原则，有针对性地使用。针灸对消除症状可取得立竿见影的疗效，但应循证取穴，配合电刺激以增强效果。
治疗原则1、心、身同治原则心身疾病应采取心、身相结合的治疗原则，但对于具体病例，则应各有侧重。对于急性发病而又躯体症状严重的病人，应以躯体对症治疗为主，辅之以心理治疗。例如对于急性心肌梗塞病人，综合的生物性救助措施是解决问题的关键，同时也应对那些有严重焦虑和恐惧反应的病人实施床前心理指导；又如对于过度换气综合征病人，在症状发作期必须及时给予对症处理，以阻断恶性循环，否则将会使症状进一步恶化，呼吸性碱中毒加重，出现头痛、恐惧甚至抽搐等。对于以心理症状为主、躯体症状为次，或虽然以躯体症状为主但已呈慢性经过的心身疾病，则可在实施常规躯体治疗的同时，重点安排好心理治疗。例如更年期综合征和慢性消化性溃疡病人，除了给予适当的药物治疗，应重点作好心理和行为指导等各项工作。
心身疾病的心理干预手段，应视不同层次、不同方法、不同目的而决定，支持疗法、环境控制、松弛训练、生物反馈、认知治疗、行为矫正疗法和家庭疗法等心理治疗方法均可选择使用。
2、心理干预目标对心身疾病实施心理治疗主要围绕以下三种目标：
1)消除心理社会刺激因素
2)消除心理学病因：例如对冠心病病人，在其病情基本稳定后指导其对A型行为和其它冠心病危险因素进行综合行为矫正，帮助其改变认知模式，改变生活环境以减少心理刺激，从而从根本上消除心理病因学因素，逆转心身疾病的心理病理过程，使之向健康方面发展。这属于治本，但不容易。
3)消除生物学症状：这主要是通过心理学技术直接改变病人的生物学过程，提高身体素质，促进疾病的康复。例如采用长期松弛训练或生物反馈疗法治疗高血压病人，能改善循环系统功能，降低血压。
