明成祖朱棣决定迁都北京之 前，祭祀历代帝王的大典都是在  南京举行的。定都北京后，明成祖并没有在大规模兴建皇宫的同时，新建 北京历代帝王庙，这是为什么？ 有人推测：明成祖当时忙于军国 事务，无暇顾及。于是，在此后的一百多年时 间里，明朝廷祭祀历代帝王的礼  仪虽说没有中断，有时遣官去南 京和凤阳致祭，有时就在北京举 行郊坛大祀时附祭历代帝王。
  但 这样做显然降低了对历代帝王的 祭祀规格，也有违朱元璋当初兴 建历代帝王庙的初衷。为此，明世宗嘉靖皇帝登基九 年后下令在北京新建历代帝王庙。据史记载，嘉靖帝在修坛建 庙方面是个重量级人物。仅北京 而言，天坛、地坛、日坛、月 坛、先农坛、大高玄殿、大光明 殿、金海神祠以及历代帝王庙都 与他有关。
  无怪乎海瑞要骂这位 败家子：嘉靖嘉靖，家家户户干 干净净。乎十分看重礼乐。在明朝之前，天 和地是合在一起祭祀的。嘉靖帝认 为这样不合周礼，要把天坛和地坛 分开。他说：云、雨、风、雷是天 神，岳、镇、海、渎是地神，城隍  是人鬼，怎能合在一坛来祭呢？于 是另外建了太岁坛。
  嘉靖九年，这位皇帝又下令 在城东建日坛，城西建月坛。同  年即1530年北京历代帝王庙开始 兴建。大兴土木修建坛庙的嘉靖帝 真的崇尚古代礼乐制度吗？有史为  证，他真正崇尚的是道教。在当 皇帝的生涯中他有20年时间住在西 山永寿宫里修道，根本不回乾清宫 理政。
  直至临终，他才有点后悔地 承认：因为自己多病，过分追求长  生，才使得奸人乘虚而入。北京历代帝王庙于嘉靖十一 年正式建成。此年春祭因庙未竣  工，对历代帝王的祭祀改在皇宫内 的文华殿举行。到了秋祭，嘉靖帝 亲临历代帝王庙，当年的祭祀过程 在《明世宗实录》中有详尽记载。
   从此，南京历代帝王庙的祭祀中止 了，庙宇也渐渐废弃。北京历代帝王庙在祭祀礼  制和享祀人物上与南京历代帝 王庙基本一致。至于建筑形制是否相似，因南京的庙已毁，缺少文献记载，难知其详。但两座 庙有一点是明显不同的，即南京历代帝王庙设有帝王塑像， 而北京历代帝王庙不设塑像， 只立牌位。
  为何会有这个变异 呢？目前对此缺少研究。但有学 者分析，参照佛教的观念，佛的 信仰最初本是没有像的，无像并 不表示他不存在，恰好相反表 明他无处不在。北京历代帝王庙的牌位之变，有没有可能是 受佛学的影响呢？另有学者指 出：祭历代帝王晚于祭祖，前者 的祭祀礼仪有可能沿袭后者。
   祭祖只设牌位的历史相当早， 这也可能影响到嘉靖帝不塑像 只设牌位的抉择。