1、评估制度的监管不完善，评估理论体系不健全 
房地产评估在操作层面的问题很大程度上也来自评估制度的不完善和市场的不成熟。
2、抵押的房地产的产权关系复杂
在评估过程中，评估人员无法全面的了解抵押物的权利状况，无法评估那么并未登记的权利的客观价值，造成抵押权人所能实现的房地产权利小于等于抵押人的房地产权利，会导致估价结果不准确。

1、估价缺乏客观性、公正性
评估机构选取的非公开性决定了估价结果缺乏客观性和公正性。这些指定的评估机构，虽然原则上应该是估机构资质较高、信誉较的评估公司。这种指定评估机构的做法，在当前评估机构众多、不当竞争频发的情况下，无疑增加了银行内部人员的腐败的可能性，降低了抵押贷款的安全性。
2、评估人员因素不高
由于估价师考试较注重理论考核，对学历要求较高而对相关专业工作经历和从事评估业务的年限要求较低，因此应届毕业生的考试通过率较高，而真正有经验的业务骨干却因基础理论知识的欠缺不能通过估价师资格考试。

  （一）评估制度的监管不完善，评估理论体系不健全 
目前我国房地产评估仍处于发展的初级阶段，随着市场经济的的不断发展，估价机构与政府部门的联系越来越多，这也使得估价机构能够不通过正常的市场竞争去获得业务，而是通过政府关系去垄断市场。在此基础上会出现评定估算简单草率，随意删减评估程序、评估报告内容和格式不规范等现象的出现。
  总之，房地产评估在操作层面的问题很大程度上也来自评估制度的不完善和市场的不成熟。
（二）抵押的房地产的产权关系复杂
房地产的各项权利的产生与变更都应该到相关登记机关进行登记的，但事实上房地产并不是所有的权利都能登记的，这样就会出现房地产权利信息不对称的现象。
  在评估过程中，评估人员无法全面的了解抵押物的权利状况，无法评估那么并未登记的权利的客观价值，造成抵押权人所能实现的房地产权利小于等于抵押人的房地产权利，会导致估价结果不准确。
（三）估价缺乏客观性、公正性
这种指定评估机构的做法，在当前评估机构众多、不当竞争频发的情况下，无疑增加了银行内部人员的腐败的可能性，降低了抵押贷款的安全性。
  
  
（四）评估人员因素不高
首先，由于估价师考试较注重理论考核，对学历要求较高而对相关专业工作经历和从事评估业务的年限要求较低，因此应届毕业生的考试通过率较高，而真正有经验的业务骨干却因基础理论知识的欠缺不能通过估价师资格考试。其次，一些评估机构负责人本身的专业素质与管理素质不高，对执业人员也不进行风险教育，一些评估机构的评估质量审核人员在复核过程中，没用很好的履行监督管理职责。