治疗灰指甲的方法很多，可以外涂药，可以内服药，还可以外科手术拔除病甲。手指甲和脚趾甲的生长速度是不同的，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心。
（1）手术拔甲：适于单发的灰指甲，在局部麻醉下，将患甲拔除。这种方法创面大，出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，由于“治标不治本”，临床极少使用。而且心脏病、高血压、糖尿病等的患者，不宜手术治疗。
（2）内服药物：适于多个指(趾)甲同时患病者，此法在临床上早有应用，如特比萘芬片、灰黄霉素及酮康唑均有一定疗效，且方便。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，有副作用，且停药后易复发，故不宜作为灰指甲的常规治疗药物。
（3）外用疗法：外用疗法较安全，一般无痛苦、无副作用，是治疗灰指甲的首选疗法。根据药剂不同，主要有浸泡、局部涂药和封包削治等方法。