牛场发生传染病时，应对疫源地进行临时消毒和终末消毒。临时消毒应尽早进行，消毒的对象包括病牛停留的场所、房舍、病牛的各种分泌物和排泄物、剩余伺料、管理用具以及人员的手、鞋、口罩和工作服等。在集中病牛的地方，如隔离舍、兽医院等进行临时消毒，具有重要的意义。
  病牛解除隔离、痊愈或死亡后，或者在疫区解除封锁前，为了彻底地消灭传染病的病原体而进行的最后消毒称为终末消毒。大多数情况下，终末消毒只进行1次，不仅病牛周围一切物品、牛舍等要进行消毒，有时连痊愈牛的体表也要消毒。(1)牛舍与运动场地的消毒先将粪便、垫草、残余饲草伺料、垃圾等加以清扫，堆在指定地点，发酵处理。
  如量小又有传染危险时，也可焚烧或深埋。对地面、墙壁、门窗、饲槽、用具等进行严格喷洒或彻底洗刷。泥泞的圈舍，可撒一层干石灰或草木灰，并在消毒后垫上新土。消毒圈舍、场地常用10%-20%石灰乳剂、2%-4%烧碱水，喷洒消毒时，一般每平方米面积用药量1升，泥土地面、运动场可适当增加。
  牛舍也可用气体熏蒸消毒。应用福尔马林熏蒸消毒畜禽圈舍，通常按每立方米空间用福尔马林25毫升加水加热熏蒸，或者按每立方米空间用福尔马林25毫升、高锰酸钾12。5克混合物进行熏蒸，消毒过程中应保持圈舍密闭，经12-24小时后打开门窗通风换气。也可根据消毒对象和污染程度不同选择不同级用药浓度进行熏蒸消毒。
  (2)地面土壤的消毒芽孢杆菌污染的地面，首先用10%漂白粉溶液喷洒，然后掘起表土30厘米左右，撒上干漂白粉，与土混合后，将此表土深埋。如为水泥地，则用消毒液喷洒消毒。牧地若被污染，一般利用阳光暴晒或种植对病原微生物起杀害作用的植物，如葱、蒜、小麦、黑麦等，使土壤得到净化。
  (3)粪便的消毒最常用的是将粪便堆积，利用发酵时产生的生物热来达到消毒的目的，粪堆或粪池积满后，表面加盖或用杂草泥土封好。此法发酵可使温度上升到70-80°C，1-3周即可杀灭一般非芽孢病原体及寄生虫卵。炭疽、气肿疽等疫病不适用于堆肥发酵法，粪便要予以焚烧。
  (4)污水的消毒污染的水视具体情况，有针对性地进行消毒。若污水量不大，可拌洒在粪便中堆积发酵。若水池、水井被污染，可根据不同情况予以永久地或暂时地封闭，或进行化学处理。方法是每立方米水中加入漂白粉8-10克，充足搅混，经10日后方可启用。(5)车辆的消毒运送过传染病牛或疑似病牛及其尸体、粪便和产品原料的车辆，在彻底清扫之后，还应用10%的漂白粉或2%-4%的烧碱热溶液消毒。
  
  (6)空气的消毒最简便的方法是通风，这是减少空气中病原微生物数量极有效的方法。其次是利用紫外线杀菌等消毒方法。(7)杀虫和灭鼠鼠、蝇、蚊、蜱等都是牛传染病的传播媒介•;鼠类也是人畜传染病的病原携带者。因此，杀灭这些寄生害虫和鼠类，在控制和扑灭牛传染病方面都有很重要的意义。