《暂行办法》规定，基金应纳入社会保障基金财政专户，实行收支两条线管理，单独记账、核算，任何地区、部门、单位和个人均不得挤占、挪用，不得用于平衡财政预算，不得用于经办机构人员和工作经费；各级经办机构的人员经费和经办新农保发生的基本运行费用、管理费用，由同级财政按国家规定予以保障。
经办机构为每个新农保参保人建立终身记录的养老保险个人账户，个人缴费、集体补助及其他经济组织、社会公益组织、个人对参保人缴费的资助，地方政府对参保人的缴费补贴，记入个人账户；个人账户储存额按国家规定计息，全部用于个人账户养老金。 《暂行办法》还规定，基金按照国家规定按时、足额筹集，地方政府应组织引导参保农村居民按当地缴费标准缴纳养老保险费，各级财政部门应根据财政补助标准和行政区域内参保农村居民人口数安排补助资金，纳入同级财政年度预算并按规定程序及时办理拨付手续，任何地区、部门、单位和个人不得截留和擅自减免。
基金应按照新农保制度规定的项目和标准支出，任何部门、单位和个人不得擅自调整支出项目和随意改变支出标准。
