总体来说，合作社的发展还处在初级阶段，面临着不少 问题。(1) 规模实力方面。规模较小，经营能力弱，示范带动作用不强。主要表现在合作社成员数量、成员出资、固定资产、经营总收人、可分配盈余、投入品的统一采购和农产品的统一销售 等项指标低。(2)民主管理方面。
  合作社“三会”组织机构设置不全， 特别是成员大会制度、成员一人一票表决制度坚持得不好，存在 一言堂、理事长一人说了算和以成员代表大会代替成员大会的现象。(3)财务管理方面。多数合作社没有会计人员，没有设置 账簿进行业务核算。(4) 利益联结机制方面。
  合作社与成员利益联结是松散型 的，大多数合作社采取“一次让利”的形式代购生产资料和销售农产品，成员交完农产品，拿到钱就完事了，合作社以后的事 情跟他没有关系了，是赚是赔不再关心了，市场风险全有理事长 或是核心成员承担。没有按照规定的收益分配程序进行分配。
  因此，合作社利益共享，风险共担的机制没有建立起来，合作社也 缺乏凝聚力和生机活力。(5)财产管理方面。合作社财产界限不清楚，特别是两委领办型和企业带动性的合作社，没有单独建账，分开核算，分不 清哪些是集体的（公司的），哪些是合作社的。以合作社名义争 取下来的扶持资金用在了公司建设上，合作社什么都得不到。
  没有设置成员账户，国家扶持资金形成的财产没有量化到每一个成 员名下，没有成员账户，成员的财产权利得不到保障。(6)内部管理方面。合作社没有符合自身特点的章程，还是照抄照搬农业部制定的示范章程，没有根据自己合作社的变化 及时修改章程，章程和实际做法两张皮。
  内部制度不健全，没有 建立起各项约束规章制度。登记事项发生变化没有及时到工商局进行变更登记。例如，很多合作社新增加的成员没有及时到工商 部门进行变更登记，造成实有成员数量与登记数量不一致，也就是说在工商部门登记备案的成员数量少，实有成员数量多。
  (7) 对合作社认识理解不清楚。虽然成立了合作社，但是不知道合作社是干什么的，怎么做，一哄而起。有的合作社合而 不作，成立了合作社，没有开展服务经营，合作社没有运转，有 的根本都找不着人员和地址，成为“空壳社”、“休眠社”。(8)合作社、大户、家庭农场界限不清。
   (10) 扶持政策落实不到位。税务发票、贷款难；财政扶持 少、分散，项目对接不够。(11)还有一些虚假合作社、挂牌套牌合作社现象。