有机食品认证的程序是：①申请。申请者向中心(分中心）提出正式申请，填写申请表和交纳申请费。申请 者填写有机食品认证申请书，领取检查合同、有机食品认证 调查表、有机食品认证的基本要求、有机认证书面资料清 单、申请者承诺书等文件。申请者按《有机食品认证技术准 则》要求建立质量管理体系、生产过程控制体系和追踪体 系。
②认证中心核定费用预算并制定初步的检查计划。 认证中心根据申请者提供的项目情况，估算检查时间，一般 需要2次检查：生产过程一次、加工一次，并据此估算认证 费用和制定初步检查计划。③签订认证检查合同。申请 者与认证中心签订认证检查合同，一式三份；交纳估算认证 费用的50%;填写有关情况调查表并准备相关材料；指定内 部检查员（生产、加工各1人）；所有材料均使用文件、电子 文档各一份，邮寄或E-mail给分中心。
④初审。分中心对 申请者材料进行初审；对申请者进行综合审查；分中心将初 审意见反馈至认证中心；分中心将申请者提交的电子文档 E-mail至认证中心。⑤实地检查评估。认证中心在确认申 请者交纳颁证所需的各项费用；派出经认证中心认可的检 查员；检査员从分中心取得申请者相关资料，依据《有机食 品认证技术准则》，对申请者的质量管理体系、生产过程控 制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等 进行实地检查评估，必要时需对土壤、产品取样检测。
⑥编写检查报告。检查员完成检查后，按认证中心要求编 写检查报告；该报告在检查完成2周内将文档、电子文本交 认证中心；分中心将申请者文本资料交认证中心。⑦综合 审查评估意见。认证中心根据申请者提供的调查表、相关 材料和检查员的检查报告进行综合审查评估，编制颁证评估表，提出评估意见提交颁证委员会审议。
⑧颁证委员会 决议。颁证委员会定期召开颁证委员会工作会议，对申请 者的基本情况调查表、检查员的检査报告和认证中心的评 估意见等材料进行全面审查，作出是否颁发有机证书的决 定。⑨颁发证书。根据颁证委员会决议，向符合条件的申 请者颁发证书。申请者交纳认证费剩余部分，认证中心向 获证申请者颁发证书；获有条件颁证申请者要按认证中心 提出的意见进行改进做出书面承诺。
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