有效地局部治疗，能治愈小肝癌，其效果不亚于手术切除。近年来，多种非手术性肿瘤消融疗法相继问世，并取得效果。一个好的局部消融疗法应该是能有效地局部清除癌肿，对非肿瘤性肝组织无毒害，操作简便、安全。局部消融的目标是使肿瘤及其边缘的正常组织完全坏死。在这些局部疗法中，PEI、冷冻和射频是最为有效的。对于小于5cm的肝癌，应用冷冻或射频至少可在90%的病例使肿瘤完全坏死。与上二种疗法相比，PEI的完全坏死率较低，局部复发率较高，治疗的次数也较多。对靠近内脉主干、肠、射频不适用，PEI和冷冻治疗则较安全。对于大于5cm的肝癌，PEI和射频均不能有效清除肿瘤，而冷冻则为首先治疗方法。
局部消融方法，如90钆微粒、间质激光凝固，目前尚难肯定其疗效，尤其前者，有放射性照射之虞。对于缺乏射频或冷冻设备的单位，局部注射酒精、热盐水、热蒸馏水甚至化疗药，是可取的，顺铂/肾上腺素凝胶是目前认为最适于瘤内注射的药物。
如同手术切除一样。经皮局部消融疗法的主要问题是术后复发。复发可发生原先肿瘤处、近旁或肝内其他部位。局部治疗时扩大消融的范围，有助于减少复发，但多数复发乃是微波凝固治疗。
使用能产生和传导微波能量的微波凝固器，将其单极、电极插入肝肿瘤内。微波可引起组织内分子尤其是水分子振荡，产生热能，进而引起电极周围组织坏死。在手术中，微波用于肝癌破裂出血的止血，在经皮治疗时，系将微波电极经过14G套管针，在B超或CT引导下插入肿瘤内。Seki等在1994年应用微波治疗18例小肝癌，所有的肿瘤均呈现坏死的景象学改变，一例后来接受肝切除，显示肿瘤己完全坏死。后来，任教对微波治疗和PEI作了比较，发现前者在治疗中等分化或未分化在肝癌病例中能获得更好的局部检制率和较高的生存率。Doug等发现84%的经微波治疗的肝癌在景象学和活检中均无残存肿瘤的证据。
