口腔念珠菌病以局部治疗为主但严重病例及慢性念珠菌感染常需辅以全身治疗才能奏效。
1.局部药物治疗
（1）2%～4%碳酸氢钠（小苏打）溶液：本药系治疗婴幼儿鹅口疮的常用药物用于哺乳前后洗涤口腔，以消除能分解产酸的残留凝乳或糖类，使口腔成为碱性环境可阻止白色念珠菌的生长和繁殖。轻症患儿不用其它药物，病变在2～3天内即可消失但仍需继续用药数日，以预防复发。也可用本药在哺乳前后洗净乳头以免交叉感染或重复感染。
（2）龙胆紫水溶液：龙胆紫液在1∶10万的浓度时仍能抑制念珠菌的生长。口腔粘膜以用1/2000（0.05%）浓度为宜，每日涂搽3次以治疗婴幼儿鹅口疮和口角炎。但药物染色后，不宜观察损害的变化市售1%龙胆紫醇溶液，因刺激性大，不宜直接用于婴幼儿口腔粘膜但可用于皮肤病损。
（3）洗必泰：洗必泰有抗真菌作用可选用0.2%溶液或1%凝胶局部涂布，冲洗或含漱，也可与制霉菌素配伍成软膏或霜剂其中亦可加入适量去炎舒松，以治疗口角炎、托牙性口炎等（可将霜剂涂于基托组织面戴入口中）以洗必泰液与碳酸氢钠液交替漱洗，可消除白色念珠菌的协同致病菌——革兰氏阴性菌。
2.抗真菌药物治疗
（1）制霉菌素（mycostatin）：本药属四烯类抗生素1mg相当于2000U，宜于低温存放。不易被肠道吸收故多用于治疗皮肤、粘膜以及消化道的白色念珠菌感染。局部可用5万～10万U/ml的水混悬液涂布每2～3小时一次，涂布后可咽下。也可用含漱剂漱口或制成含片、乳剂等。儿童（1～2岁）口服10万U/次每日3次；成人口服50万～100万U/次，每日3次。本药的抑菌作用可能是通过破坏细胞膜释放钾，从而引起细胞内糖原分解中止而失去活力。口服副作用极小偶尔有引起恶心、腹泻或食欲减退者。疗程7～10日
（2）咪康唑（miconazole）:本药为人工合成的广谱抗真菌药局部使用的硝酸咪康唑的国内商品名达克宁。除抗真菌外，本药尚具有抗革兰氏阳性细菌的作用散剂可用于口腔粘膜，霜剂适用于舌炎及口角炎，疗程一般为10日
（3）克霉唑（clotrimazole）：为合成广谱抗真菌剂毒性较大，口服后吸收迅速，4～5小时血液中达到最高浓度并可进入粘膜和唾液中。本药能影响麦角固醇的合成，从而使真菌细胞膜缺损内容物溢出而导致真菌死亡。成人每日口服3次，每次0.5g日剂量最多3g。本药的副作用主要为肠道反应；长期使用可影响肝功能，引起白细胞减少故目前多使用局部制剂。
（4）酮康唑（ketoconazole）：为国外70年代后推荐使用的抗白色念珠菌新药能抑制真菌细胞膜DNA和RNA，疗效快，口服吸收2小时后达到峰值通过血循环达到病变区。剂量为每日一次口服200mg，2～4周一疗程并可与其它局部用的抗真菌药合用，效果更好。对于皮肤消化道等口腔外真菌病也有明显疗效，目前在国外已代替二性霉素。本药不可与制酸药或抗胆碱药同服以免影响吸收。
3.综合性治疗
对粘膜明显充血水肿舌质红、口臭、尿黄便秘等心火上炎或胃热夹湿见证者，可服用“口炎冲剂”（见单纯疱疹一章）。
除用抗真菌药物外对身体衰弱，有免疫缺陷病或与之有关的全身疾病及慢性念珠菌感染的患者，常需辅以增强机体免疫力的综合治疗措施如注射转移因子、胸腺素、脂多糖等补充铁剂、维生素A；以及多次少量输血等。
口腔白色念珠菌病的治疗时间应适当延长一般以14日为期，过早停药易致病损复发。而肥厚型（增殖型）的疗程应更长有报道可达3～4个月，疗效不显著的白色念珠菌性白斑，应及早考虑手术切除
