工厂化养殖循环水系统的设计多种多样，但要达到高效都必 须做好以下几方面的管理：(1)充气必须通过充气保持溶解氧的浓度，满足养殖生物 呼吸的需求和维持生物滤膜的正常功能。充气通常在养殖池中进 行，在水流通过生物滤膜前或在生物滤膜中也需要充气。水中有 机物质的降解也需要氧气。
  也可以通入臭氧氧化有机物质和杀灭 病原菌，防止病原菌进人水处理系统。一般情况下，充气的强度 以使整个养殖系统的溶解氧水平达到饱和浓度的60%为宜。(2)清除颗粒物质粪便和残饵中的固体颗粒会消耗大量的 氧气和产生氨氮，必须清除。可以通过沉降池沉降，也可以使用 多孔材料如海绵、滤网、沙和砾石等通过机械过滤除去。
  (3)生物过滤鱼类和其他水生动物的含氮排泄物主要是氨 (NH3),尿、固体废物和过量的词料也含有未消化的氮成分， 都是氨态氮（NH4+-N)的额外来源。NH3对养殖生物具有强 烈的毒性，在0。 05毫克/升的浓度下就会对养殖生物产生亚致死 的应激作用，导致生长减缓和抗病力下降。
  综合考虑滤膜的表面 积、养殖密度和水的流速。通常情况下养殖池和滤膜的体积比为 3 : 1能够满足要求。(4)缓冲pH鱼类代谢和细菌的硝化作用会产生酸，降低 水体的缓冲能力和pH。虽然很多鱼类可以耐受5-10的pH， 但满足生长的最适pH为6。
   5-8。 5。施用生石灰和碳酸氢钠补充二氧化碳，可以弥补损失的碱度和维持水体的缓冲能力。生物 膜介质（如牡蛎壳）和养殖系统的其他部件（如混凝土养殖池)  也能提供一定量的碳酸盐。应根据养殖种类的特点，经常监测和 调节水体的硬度、碱度和pH。
  (1) 日常管理设计循环水系统时，应遵循操作方便和经 济实效的原则。养殖之前要让生物滤膜有充足的适应时间。经  常监测氨氮和亚硝酸盐的浓度。溶解氧水平应该维持在饱和浓 度的60%，并且要呈周期性的变化。定期测定和调节水体的碱 度、硬度和pH，检查和清洗滤膜。
  由于用于防治渔病的药物 可能会杀死生物滤膜中的细菌，因此必须配备专门的治疗渔病  的养殖箱并与过滤系统分开。经常检查生物膜的微生物组成， 统计主要微生物的世代变化周期，确定补充菌种的添加种类和 数量。