1800年，共和党在总统和国会的选举中同时获胜，杰斐逊当选为总统，结束了建国后联邦党人的12年执政。杰斐逊是美国民主思想的代表，与联邦党人相比，他对民众具有更多的信任，对民主作为一种政体也更为坚定。但杰斐逊相信，民主对农业社会的自耕农最为适宜。
使他感到欣慰的是，他认为美国还将长期维持在农业社会。杰斐逊主张限制政府权力，提倡通过全民教育来提高人民行使和保护自己权利的能力。杰斐逊的当选也被称为“1800年革命”，普通民众战胜了有产者上层阶级。在美国历史上，它也是首次通过选举，使政府权力从一个党派过渡到另一个党派的掌握之中。
杰斐逊在就职演说中强调和睦友爱，宣称“我们都是共和党人，我们都是联邦党人”，因为“意见的差异并不就是原则的差异”，而大家都是维护联邦与共和的大原则的。在他执政的8年中，杰斐逊厉行节俭之风，尊重人权和州权，他要使联邦政府变得和他一样平易近人。
他在否定联邦党的政策时尽量不作过分的举动，主要是缩减政府开支，取消国会对威士忌的征税，裁减原来不多的军队，减少国债，让^反颠覆法”于 1801年寿终正寝，把亚当斯在离任前夕匆匆任命的法官否决掉。他大致继续了汉密尔顿的经济政策，照样征税偿债，银行也照样经营。
在外交上，他也继承了华盛顿的中立政策，和所有国家保持友好，但不和任何国家结盟。
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