故事介绍： 未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。 1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。
2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。
南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。 2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。 2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。
但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。 2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。
没多久，加持和美里开始同居。在地下空洞的上方，第3新东京市开始建设。 2007年，美里和加持分手。 2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。 2009年，葛城美里加入研究所。 2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。
人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。 2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。 2014年，第二个绫波丽转学进入第3 新东京市地壹中学校内。 2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣起来。
EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。 故事结局： 这时第三次冲击也开始了。首先是生命之树引起的大爆炸，波及到朝鲜半岛和中国，在爆炸形成的大坑中，一个黑色的月亮冉冉升起。
而在地面上，每个人身边都出现了一个幽灵似的绫波丽，忽然，她又变成了那人心中最想见的人：日向看到的是美里；青叶看到了他最怕的绫波丽；伊吹见到的是体贴的赤木律子（畸恋之一）；而冬月见到了投怀送报的碇唯（又是畸恋！）；至于该死的碇元度，他见到的是碇唯、被他害死的第一个绫波丽和现在的绫波丽，这老家伙终于说道自己对不起真治，然后就被初号机一口给吞掉了。
。。。。。没个人“补完”之后都被吸去了灵魂，然后变成了LCL（不知大家有没有看过卫斯理写的《幽灵星座》，里面的灵魂和《EVA》一样也是一个小黑点）。升到太空的绫波丽（lilith）张开了翅膀，而那些五号机也用隆基努斯之枪刺进自己的“核”，刹那间所有人的灵魂全被吸了出来，人类就这样灭亡了，灵魂则被吸入绫波丽（lilith）体内补完，最后被吸进去的就是初号机。
接下来是绝对的“少儿不宜”画面：绫波丽坐在真治身上，两人的手相握着，然后真治问绫波丽自己是不是死了，而绫波丽对他说这是lcl的海，接着又是一堆难懂的对话，大概是绫波丽给真治选择是接受补完，大家成为一个个体好呢，还是回到以前大家在一起生活但是会互相伤害的世界好呢？这时真治选择了大家在一起的世界，因为这样“感觉”很好。
下来就是他和母亲的告别，表示他已接受了这个充满伤害的世界，拒绝幼稚和脆弱，走向成熟。然后碇唯慢慢地远去，而初号机也冲出绫波丽的身体走了出来，所有人的灵魂也因此溢出，飞舞在卫星轨道上，至于绫波丽也就是lilith则开始解体毁灭，头变成两半掉了下来，和身体其他器官一起慢慢腐烂（好恶心）。
需要说明的是，以上这段文字是我在看过一些网上资料再结合自身体会写出的，事实上EVA完结篇我已看了不下五次，到了这里仍是一头雾水。虽然现在很流行“意识流”电影，可也不要太过分，不然真的是很难受。 人类的结局就是只剩下真治和明日香因为身在EVA的驾驶仓中得以生还，而整个世界已经毁灭了。
醒过来的真治开始掐明日香的脖子，明日香则用受伤的右手去抚摩真治的脸颊，真治忽然哭了起来，然后明日香说了一句“感觉很差”，伟大的《新世纪EVA》就这样结束了。 人都死光了，庵野秀明个白吃，我很不喜欢这种结局，更不希望凌波消失。 所以只看了一遍（日本原版，无删减的就再也不想看2遍了） 。
因为这个动画属于仁者见仁智者见智的，内容长到吐血，请参考这里： EVA补完计划全攻略：
各位，就冲楼主把“天鹰战士”这四个字写出来，我们就应该拒绝回答这个问题！
简单说就是 人类全灭，真治和明日香成了新一代的亚当 夏娃
看不懂，就对啦。
答：绫波·零是用白色巨人克隆出来的。 绫波·零最后和回到了母体莉莉斯的体内，变成了莉莉斯，召唤出了黑色月亮，收回了人类的灵魂。应该算是死了。 白色巨人应该叫“莉莉斯...详情>>
答：《请问您今天要来点兔子吗》等详情>>
问：火影忍者佐助回归是多久 我在漫画上看到71话佐助和鸣人一起打辉夜
答：好像是在300多级以后。详情>>
