蒙古国建立后，由于地域广袤、人口众多、民族杂糅，信仰也 各有不同。为了“因其俗而柔其人”，巩固和维护统治，元朝除了 供养萨满教外，也允许基督教徒、伊斯兰教徒和佛教的发展。多 种宗教信仰并存，可以说是元代宗教生活的一个重要特点。除了基督教之外，元朝主要信仰的宗教有：一、 萨满教。
  萨满教是蒙古族古老的原始宗教，古代的匈 奴、鮮卑、契丹，今天的维吾尔、达斡尔、鄂温克、满族等北方民族 都曾经信奉过萨满教。在相当长的一个历史阶段，一直是蒙古 社会占统治地位的一种宗教信仰，对蒙古社会各方面都有着重 要的影响。萨满教长期影响着蒙古民族的经济、政治、社会思 想、哲学、文学艺术和民俗习惯等诸方面。
  有元一代皇室祭祖、 祭太庙、皇帝驾幸上都等，都以萨满巫师主持祭祀。萨满教在蒙 古统治阶级中很有市场，不少蒙古贵族酷信萨满，贵由汗皇后斡 兀立海迷失终日与萨满共处。蒙哥汗及皇族也酷信巫觋卜筮之 术，“凡行事必谨叩之，殆无虚日，终不自厌也”。二、 佛教。
  佛教是信奉人数最多的宗教，不但汉族群众广为 信仰，其他少数民族也多有信仰。其中藏族聚居的地区流行的 是藏传佛教。藏传佛教中萨迦派的领袖八思巴被忽必烈封为帝 师，成为佛教界的最高领袖。之后的帝师，都是由藏传佛教萨迦 派的僧人担任。元上都的佛寺林立，仅《元史》记载，竟达 167 座。
  三、 道教。道教是中国土生土长的宗教，在元代也有了很大 的发展。当时道教有全真、太一、大道、正一等派别。进入元代 以后，全真教的影响最大，“设教者独全真家”。后来全真教逐步 向南发展。而在南方，以江西龙虎山为基地的正一道历史悠久， 后来也向北方发展。
  道观在全国随处可见。当时号称“老氏之 流，男女三十万”。四、 伊斯兰教。伊斯兰教从唐代开始即在留居中国沿海地 区的波斯、阿拉伯商人中流行。蒙元时代，随着中亚各族人民大 批徙居内地，其中一部分伊斯兰教徒也分散各地。伊斯兰教也 随之而传播到全国各地。
  其中，蒙古安西王阿难答从小由回回 人抚养长大，笃信伊斯兰教。传说至元十七年（1280)，他继承安 西王位后，使部下15万蒙古军队中的大多数人改信伊斯兰教。 据至正八年（1348)中山府的《重建礼拜寺记》的记栽：“今近而京 城，远而诸路，其寺万余，俱西向以行拜天之礼。
  ”反映了元代伊 斯兰教徒的建寺兴教活动遍于全国的事实。多种宗教信仰并存，也造成了宗教融合、调和思潮的出现。 当时儒释道三教合一之说开始流行，兼信三教者逐渐增加。