自治区本级指的是区本身这一级。不能包含区的下一个行政层级。
内蒙古自治区本级医保是指参保人按照自治区缴费基数参加社保，社保业务是在自治区社保中心办理的，和自治区各地方参保人有所区别。自治区级单位参加区保，是属于自治区社保中心管理的，通常指区直部门和单位。
一般自治区本级医保和市医保有所区别，比如说区本级医保报销比例相对市医保来说会高一些、区本级医保只能是区直单位的职员和档案在省人才中心保管且办有区养老统筹的办理，市医保只能是市直单位的职员和档案在市人才代理中心保管且办理了市养老统筹的办理。
自治区本级医保是什么意思
自治区区本级医保是指在自治区社会保险事业局参加基本医疗保险的人员，包括中、区直驻自治区的机关、企事业单位、社会团体职工及部分灵活就业人员。 通过用人单位和个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，由医疗保险经办机构给予一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所带来的经济风险。”
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