生产上种植的同一杂交种，几年以后，杂交优势一般会减退，这主要是由于杂交种子质量不好而引起的；而杂交种子质量不好的原因，主要是亲本自交系的混杂退化所致。用纯度差的自交系比用纯度高的自交系所配制的单交种，一般会减产5%〜20%。因此，要保持和提高杂交种的增产效果，除需要认真做好自交系的保纯工作外，对纯度不高的自交系，必须进行提纯、更新。
  常用的方法有以下两种。(1) 二级提纯法对混杂不太严重、杂株率在10%上下的自交系，可采用此法。第一年在自交系繁殖区内，选生长良好、符合该自交系特征的典型植株100〜200株，人工套袋自交。第二年从上一年的自交果穗中精选50〜100个典型穗，每穗予以编号，在隔离区内种成穗行，把不良的穗行和典型穗行中非典型植株在散粉前全部去雄，不让它散粉，收获后当粮食处理。
  在典型的穗行中，选几株优良单株套袋自交，收获后混合脱粒，供下一年繁殖原种自交系用。其余的任其自由授粉，收获后混合脱粒，供下一年自交系繁殖区用或配制杂交种。(2) 多级提纯法对混杂退化严重、杂株率在10%〜 30%的自交系，就得连续经过二、三代以上穗行提纯，才有成效。
  在提纯过程中，除了目测典型性状外，同时进行配合力的测定(测交），选配合力高的典型株继续提纯。测验种最好用同一杂交组合中的另一个比较纯的亲本。如单交种中单2号是用厘。17和自330配成的，如果1。17混杂严重，需要提纯，可用纯度好的自330做测验种。
  具体做法如下。第一年在自交系繁殖区里选典型株50〜100株套袋自交，同时用花粉和测验种杂交（自交穗和测交穗都要编上相应的行号、株号，以便互相对应）。收获时选留好的自交穗及相应的测交穗单收。第二年把上年选留的自交穗种成穗行，进行鉴定，同时进行测交种的产量比较。
  在穗行鉴定中，淘汰非典型的、表现不良的穗行;在选留的穗行中，再选4〜5个优良单株套袋自交，收后选留2〜3穗。最后，根据测交种的产量比较结果，严格选留最好的株系10〜20个。