灰指甲为甲真菌病，由于指甲的生长周期较长，手指甲长全要100天左右，脚指甲长全要300天左右，想短时间内治好病甲是不可能的，所以要治好灰指甲还要坚持系统治疗。
灰指甲的治疗现在主要是三种方式：
1、口服抗真菌药物：酮康唑：很多人因口服酮康唑治疗灰指甲导致中毒性肝炎而出现死亡，世界上已禁止口服酮康唑治疗灰指甲。
灰黄霉素：该药物因疗效低，毒性大，需长期服药，且复发率高，已基本停用。
现在治疗灰指甲的内服抗真菌药主要有：氟康唑，伊曲康唑，特比萘芬。单纯服用抗真菌药物，有一定的疗效，但药物必须到达肢体远端病甲处才能发挥作用。所以用药量大，用药时间长，且对肝、肾有明显损害，不是十分理想的治疗方法。
2.外用药：目前市面上使用的外用药物较频繁的是亮甲复方聚维酮碘搽剂，因为指甲本身坚硬，药物很难渗透，所以要坚持使用，此方式较适于轻度灰指甲。
3.外用加口服：较为严重的灰指甲建议采用内外共同使用的方法。